Re: [room] Софт для студентов-химиков

[Michael Shigorin <mike@osdn.org.ua>]

[-- Attachment #1: Type: text/plain, Size: 1651 bytes --]

On Tue, Aug 28, 2007 at 09:55:30PM +0300, Michael Holzman wrote:
> Один из моих родственников осчастливил своих родителей
> поступлением на химфак. Меня попросили подобрать ему софт.
> Проблемы заключаются в том, что, во-первых, я бывший физик и
> оценить полезность продукта не могу.  А, во-вторых, вообще
> очень давно не смотрел на обучающие/помогающие программы. Не
> знаю, что вообще существует и с чем его едят.

Совсем негусто и скорее специфика, но кое-что есть:
http://sisyphus.ru/packages/Sciences/Chemistry

Пособирать можно ещё достаточно чего, был бы смысл.
Например, лежит полузапиленный gromacs.spec (цепляю).

Надо уточнить специальность или интерес, поскольку 
он в нормальном случае её опережает.

Ну и книжки/люди до появления предметных целей куда
важнее любых программ и даже гугля.

On Wed, Aug 29, 2007 at 01:43:46PM +0400, Alexei V. Mezin wrote:
> > Есть подозрение, что химикам нужно то же самое. Ведь я,так
> > понял, не ставится целью сделать из человека ученого, а нужно
> > облегчить процесс обучения :)
> Ну не знаю, как там у химиков (сдается мне что не сильно
> иначе), а у физиков бывают лабораторные работы,
> экспериментальные данные, графики с точками с "усами"
> погрешностей, прямые по ним "наименьшими квадратами" и т.п.
> Поэтому gnuplot иди аналог очень полезная штука. Но если без
> особых претензий, то и OOCalc подойдет :)

У химиков тоже (а лабы я строил при помощи xmgr/grace,
последнее упаковано; пару раз подбирался к scigraphica,
но последний раз не очень давно опять обломался --
кажется, --as-needed).

-- 
 ---- WBR, Michael Shigorin <mike@altlinux.ru>
  ------ Linux.Kiev http://www.linux.kiev.ua/

[-- Attachment #2: gromacs.spec --]
[-- Type: text/plain, Size: 3033 bytes --]

Name: gromacs
Version: 3.3.1
Release: alt1

Summary: Molecular dynamics package (non-mpi version)
License: GPL
Group: Sciences/Chemistry

Url: http://www.gromacs.org
Source: ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/%name-%version.tar.gz
Packager: Michael Shigorin <mike@altlinux.org>

Requires: libfftw >= 3.0.1
BuildRequires: libfftw-devel
BuildRequires: xorg-x11-devel

%description
GROMACS is a versatile and extremely well optimized package
to perform molecular dynamics computer simulations and
subsequent trajectory analysis. It is developed for
biomolecules like proteins, but the extremely high
performance means it is used also in several other field
like polymer chemistry and solid state physics. This
version has the dynamic libs and executables; to hack new
utility programs you also need the headers and static
libs in gromacs-devel*. Linux kernel 2.4 or later is STRONGLY
recommended on Pentium III and later processors since
GROMACS then can use assembly loops with SSE instructions.
You can also perform parallel simulations if you install
gromacs-lammpi.

%package devel
Summary: Header files and development part of libraries for GROMACS
Group: Development/C++

%description devel
This package contains header files, development part of
libraries, and a program example for the GROMACS molecular
dynamics software. You need it if you want to write your
own analysis programs.

%package devel-static
Summary: Header files and static libraries for GROMACS
Group: Development/C++

%description devel-static
This package contains static libraries for the GROMACS molecular
dynamics software. You need it if you want to build your
programs statically against GROMACS (which you probably don't).

%prep
%setup -q
exit 1

%build
%configure \
	--disable-rpath \
	--enable-shared \
	--without-motif-libraries
%make

%install
%makeinstall

%files
%doc AUTHORS COPYING README
%_bindir/*
%_libdir/*.so.*
%_man1dir/*
%_datadir/%name

%files devel
%_includedir/*
%_libdir/*.so

%files devel-static
%_libdir/*.a

# TODO:
# - build mpi-enabled version from the same spec?
#   (see gromacs-mpi.spec in admin/)
# - (maybe) build motif UI from the same spec

%changelog
* Thu Jan 04 2007 Michael Shigorin <mike@altlinux.org> 3.3.1-alt1
- built for ALT Linux (based on Mandriva contrib spec 
  by Lenny Cartier <lenny/mandriva.com> and original
  one by Erik Lindahl <lindahl/gromacs.org>)
- disable GUI build by default

* Tue Apr 11 2006 Lenny Cartier <lenny@mandriva.com> 3.3.1-1mdk
- 3.3.1

* Mon Nov 07 2005 Nicolas LИcureuil <neoclust@mandriva.org> 3.3-2mdk
- Fix BuildRequires

* Thu Oct 20 2005 Lenny Cartier <lenny@mandriva.com> 3.3-1mdk
- 3.3

* Fri Jun 04 2004 Lenny Cartier <lenny@mandrakesoft.com> 3.2.1-1mdk
- 3.2.1

* Wed Apr 30 2003 Lenny Cartier <lenny@mandrakesoft.com> 3.1.4-3mdk
- buildrequires

* Sun Feb 02 2003 Lenny Cartier <lenny@mandrakesoft.com> 3.1.4-2mdk
- rebuild

* Tue Dec 05 2002 Lenny Cartier <lenny@mandrakesoft.com> 3.1.4-1mdk
- from Austin Acton <aacton@yorkul.ca> :
	- initial package for Mandrake 9.0+