Re: [room] [Comm] химическую рисовалку кто спрашивал?

Re: [room] [Comm] химическую рисовалку кто спрашивал?

[Denis G. Samsonenko]

Утро доброе!

27.04.07, Aleksander N.Gorohovski написал:
> Sorry,
> заканчиваю (если можно в "личку")

Я всего-лишь опасался, что из community@ могут попросить в виду
офтопика. Но раз Михаил сказал, что это не совсем конкретный офтопик,
то можно и продолжить. :)  Но всё же отвечаю в smoke-room (и копию
личкой на всякий случай).

> Мне, тоже по мере надобности приходится снимать дифрактограммы (ДРОН УМ1),
> но пока лишь для фазового анализа
> (написал программу расшифровки и собрал ручками БД на основе ASTM, около
> 6500 фаз).

Ну, рентгенофазовым анализом особо не занимался. Максимум
порошкограммы снимаю для того, чтобы показать, что структура
конкретного кристалла соответствует всей фазе (сравнение расчётной и
ихмеренной порошкограмм).

> > Та, что считает -- пакет SHELX-97. http://shelx.uni-ac.gwdg.de/SHELX/
> А под ALT Linux у Вас получилось её собрать?
> Насколько я знаю в основном её пользуют под DOS (возможно я ошибаюсь)
> к моему большому сожалению не нашлось рядом добрых людей показать как
> с ней работают.

Там все программы консольные, на входе текстовые файлы, на выходе
текстовые файлы и вывод на экран. Так что ничего специфичного для DOS
там нет. Мало того, на сколько я знаю, этот пакет изначально писался
под юниксы. Написан на fortran-77, так что с компилированием проблем
нет. Но я в общем и не компилирую обычно, использую готовые бинари,
разницы особенной нет.

> > структурных данных (или ещё откуда) и рисуется в соответствующей
> банк данных? Не подскажите где его обычно можно найти

Сужествует 2 банка структурных данных: для органических соединений и
для неорганичаеских соединений. Оба покупаются за деньги. Банк
органических структур наиболее развит. И не смотря на название, там
есть структуры не только собственно органических соединений. Туда
попадают все структуры, в которых есть хоть одна органическая
молекула. А потому там полно координационных соединений.

У нас в институте есть оба банка, причём банк органических структур
обновляется каждые пол года. Банк неорганических структур старый, да и
вообще получен скорее нелегально.

Во многих статьях, в которых публикуют структуры, есть ссылка на номер
структуры в банке данных (можно по этому номеру вытащить структуру с
сайта банка бесплатно), или можно вытащить cif-файл со структурой из
Supporting Information к статье с сайта журнала.

> > Из бесплатно доступных (с ограниченной функциональностью) могу
> > порекомендовать Mercury:
> > http://www.ccdc.cam.ac.uk/free_services/mercury/.
> А в ней есть этот самый банк данных cif-файлов

Нет, она только для рисования. Но она может работать с банком
органических структур, да и она идёт вместе с ним, но может быть
скачана бесплатно и отдельно от него.

> > Пример чего надобен?
> Наверное я неправильно сформулировал мысль из-за того, что не приходилось
> работать с той же SHELX-97 и плохо представил, что и в каком виде обычно
> задают
> для расчёта структур. Рефлексы? Элементный состав кристалла?

Для определения структуры необходимо как минимум: параметры ячейки и
файл с интенсивностями померянных рефлексов, проиндексированных в
данной ячейке. Далее по этим данным происходит определение
пространственной группы симметрии и записывается исходный вводый файл
для програмы решения структуры. Этот файл содержит сведения о
параметрах ячейки, симметрии и примерном составе. На программу,
которая решает структуру (находит модель) подаётся этот файл вместе с
файлом с рефлексами. На выходе получается файл подобного же формата,
содержащий пики электронной плотности, которые надо соотнести с
атомами. Некоторые атомы (в основном тяжёлые) определяются
автоматически на этом первом шаге, но не всегда верно. Далее
происходит итеративный процесс, когда человек обозначает найденные из
фурье-синтеза пики как некоторые атомы и прогоняет уточнение методом
МНК. Когда все атомы отнесены, структура считается решённой.

Пример, как это делается есть в мануале к пакету SHELX-97, ссылку на
сайт которого я давал выше. Мануал можно скачать свободно с сайта.

> > По поводу литературы. Вот тут есть кое что в электронном виде:
> > http://www.iucr.org/iucr-top/comm/cteach/pamphlets.html
> > А так, возьмите любую книгу по кристаллографии. На русском языке новых
> > книг нет, только 60-х -- 70-х годов. На английском есть неплохие
> Удивительно, что никто даже не перевёл. Мне кажется это очень интересно.

Ну, это требует некоторых усилий от специалиста, который это будет
переводить. Вообще, издавать научную литературу у нас в стране трудно.
Продаётся она плохо, не в пример женским романам и детективам, стоит
дорого, труд переводчика никто оплачивать не спешит. А переводить на
халаяву никто не хочет. Специалисты и на английском языке прочесть
смогут. Так что без участия государства или каких фондов с изданием
научной литературы у нас в стране плохо. Тем более по такой узкой
области, как кристаллография и структурный анализ.

> > книжки от международного союза кристаллографов (www.iucr.ogr), я тут
> > купил себе парочку.
>
> Через интернет?

Не, зашёл в магазин и купил одну. Две другие в библиотеке откопировал.
Я щас нахожусь в Южной Корее. Тут в книжном магазине при университете
можно купить литературу на английском языке, причём даже дешевле, чем
в европе или америке. Я уже купил себе несколько книжек, того же
Коттона последнее издание. Вот только это всё тяжёлое, как домой везти
буду...

> > Чувствую, что пора перебираться с этим обсуждением из этого списка
> > рассылки куда-нибудь, а то это всё оффтопик конкретный.
> Да, согласен.
> Премного благодарен,
> Извините, что утомил Вас и остальных (кто не спит) наивными вопросами.

Да не, меня таким сложно утомить. Я про это могу долго говорить. :)
Так что если етсть вопросы -- спрашивайте.

-- 
Всего доброго,

Денис.

Re: [room] [Comm] химическую рисовалку кто спрашивал?

[Michael Shigorin]

On Fri, Apr 27, 2007 at 10:38:25AM +0900, Denis G. Samsonenko wrote:
> Я всего-лишь опасался, что из community@ могут попросить в виду
> офтопика.

Ну так никто вроде пока не просил.

> Но раз Михаил сказал, что это не совсем конкретный офтопик, то
> можно и продолжить. :)

Просто если в подобных дискуссиях в общем списке выявляется ядро
заинтересованных в более глубокой раскопке вопроса, может иметь 
смысл подвинуться в более отдельное место.

Повторюсь, никаких проблем его организовать не вижу.

-- 
 ---- WBR, Michael Shigorin <mike@altlinux.ru>
  ------ Linux.Kiev http://www.linux.kiev.ua/

Re: [room] [Comm] [JT] химическую рисовалку кто спрашивал?

[Denis G. Samsonenko]

Вечер добрый!

2007/4/28, Yury Aliaev:
> >>Не переживайте, химию постепенно съедает физика.
> > Что-то как-то не заметно. Прямо как крокодилы летают, низенько-низенько...
> Заметно-заметно, я как раз отношусь к числу таких крокодилов ;-)

Ну это уж точно офтопик. :)

> Закончил физфак по специальности "физика конденсированного состояния",
> работаю с органическими молекулами, плотно контактирую с

Как это по-физически звучит: "работаю с органическими молекулами". :)
Как работаете?

Химик работает с веществом, фазой. С молекулами только физики работают.

> химиками-синтетиками, да и сам в химии поднаторел. Кстати, знакомые
> химики часто публикуются в журнале технической физики и подобных.

Ну и что? У нас пол института -- физики. Исторически так сложилось.
Однако это не показатель. Я как раз обратную картину наблюдаю. В тех
областях химии (приграничных с физикой), в которых ранее безраздельно
властвовали физики, их становится всё меньше и меньше. В той же
спектроскопии или рентгеноструктурном анализе. В связи с тем, что эти
методы стали рутиной, надобность в специалистах-физиках отпала. С этим
сейчас спокойно справляются сами химики-синтетики.

Ну а что говорить про собственно ядро химии -- синтез. Так физиков как
не было, так и не предвидится. Не умеют они работать с веществом, не
учили их этому совсем.

Так что крокодилы всё же скорее не летают. Если их конечно с
катапульты не запускать :)

-- 
Всего доброго,

Денис.

Re: [room] [Comm] [JT] химическую рисовалку кто спрашивал?

[Michael Shigorin]

On Sat, Apr 28, 2007 at 09:07:56PM +0900, Denis G. Samsonenko wrote:
> Так что крокодилы всё же скорее не летают. Если их конечно
> с катапульты не запускать :)

Крокопультировать? :)

-- 
 ---- WBR, Michael Shigorin <mike@altlinux.ru>
  ------ Linux.Kiev http://www.linux.kiev.ua/