From mboxrd@z Thu Jan 1 00:00:00 1970 Return-Path: To: sisyphus@lists.altlinux.org References: <20060604210546.GA18120@localhost.localdomain> <200606041804.54270.iadzhubey@rics.bwh.harvard.edu> <20060604222630.GB18120@localhost.localdomain> From: Andrey Khavryuchenko Organization: KDS Software Group X-Attribution: AVK Date: Mon, 05 Jun 2006 09:19:46 +0300 In-Reply-To: <20060604222630.GB18120@localhost.localdomain> (Alexey Tourbin's message of "Mon, 5 Jun 2006 02:26:30 +0400") Message-ID: User-Agent: Gnus/5.110001 (No Gnus v0.1) Emacs/22.0.50 (gnu/linux) MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=koi8-r Content-Transfer-Encoding: 8bit X-Virus-Scanned: by amavisd-new at kds.com.ua Subject: Re: [sisyphus] ATLAS vs BLAS performance X-BeenThere: sisyphus@lists.altlinux.org X-Mailman-Version: 2.1.7 Precedence: list Reply-To: ALT Linux Sisyphus discussion list List-Id: ALT Linux Sisyphus discussion list List-Unsubscribe: , List-Archive: List-Post: List-Help: List-Subscribe: , X-List-Received-Date: Mon, 05 Jun 2006 06:19:48 -0000 Archived-At: List-Archive: List-Post: Alexey, "AT" == Alexey Tourbin wrote: AT> On Sun, Jun 04, 2006 at 06:04:54PM -0400, Ivan Adzhubey wrote: >> On Sunday 04 June 2006 17:05, Alexey Tourbin wrote: >> > Я разобрался, как надо собирать ATLAS. >> > Вот предварительный benchmark. >> > >> > Fortran BLAS: >> > > mm <- matrix(rnorm(10^6), ncol = 10^3) >> > > system.time(crossprod(mm)) >> > >> > [1] 1.572 0.004 1.580 0.000 0.000 >> > >> > ATLAS w/ SSE2: >> > > mm <- matrix(rnorm(10^6), ncol = 10^3) >> > > system.time(crossprod(mm)) >> > >> > [1] 0.344 0.020 0.369 0.000 0.000 Когда можно ждать пакеты? >> А вот с GotoBLAS 1.2 (P4 2.8GHz, R 2.3.0): >> >> > mm <- matrix(rnorm(10^6), ncol = 10^3) >> > system.time(crossprod(mm)) >> [1] 0.232 0.012 0.270 0.000 0.000 AT> Похоже, что процессор у Вас помощнее. Суть в том, что разница будет AT> если и заментной, то не значительной. Учитывая то, что ATLAS -- это AT> free software, а GotoBLAS -- проприетарный софт, то агитирую за ATLAS. :) Я бы хотел/просил для GotoBLAS тоже сделать nosrc.rpm. И для ATLAS наверное тоже. [...] AT> В общем, если это будет работать из коробки как надо и если по сравнению AT> с GotoBLAS разница будет не хуже, чем в полтора раза, тогда я буду AT> доволелен. Потому что основной разрыв по сравнению с фортраном всё AT> равно ликвидирован, а 10-20% на практике редко что решают. Если бы... :( Когда расчёты идут месяцами, то 10-20% - весьма существенное время. Понятное дело, что при подобной постановке задачи надо оптимизировать пакет под конкретную хост-систему. Но хотелось бы всё же иметь максимум возможного "из коробки". -- Andrey V Khavryuchenko Software Development Company http://www.kds.com.ua/