Из git://git.altlinux.org/people/at/packages/sqlite3.git
можно попробовать sqlite3 с собранным full text search backend'ом.
Пакет называется sqlite3-fts2, ".load fts2" работает из коробки.
Примеры из http://www.sqlite.org/cvstrac/wiki?p=FtsOne тоже работают,
только вместо fts1, естественно, надо использовать fts2.