Twas brillig at 08:12:36 25.03.2009 UTC+02 when artem.zolochevskiy@gmail.com did gyre and gimble:

 AZ> Вопрос родился вот откуда. Я посмотрел несколько проектов, и
 AZ> увидел, что установка предусмотрена в $(datadir)/applications/
 AZ> (если вообще предусмотрена).

 AZ> Насколько это корректно? Ведь, если я не ошибаюсь, это не будет
 AZ> работать при нестандартном --prefix. (файл меню окажется в
 AZ> нестандартном каталоге).

В этом случае и меню будет соответствующим образом в этом дистрибутиве
переконфигурировано. А разборки со "слакварью" с каким-нибудь
--prefix=/opt/mysoft пускай сами слакваристы и устраивают.

 AZ> Насколько вообще допустима при make install установка чего-либо не
 AZ> в пределы --prefix ?

Допустима, но для того, что типично ставится вне префикса: в /etc
что-нибудь, или в /var.

Вот писать вне DESTDIR - всегда моветон.

--