[devel] openmpi & debuginfo

[devel] openmpi & debuginfo

[REAL]

Привет!

Раньше я уже поднимал вопрос про сломанную сборку libhdf5-mpi 
(http://git.altlinux.org/beehive/logs/Sisyphus-i586/latest/error/libhdf5-6-mpi-1.8.5_patch1-alt1 
). Я покопался в config.log, но, чтобы было понятней другим, вот более 
наглядный пример (он полностью аналогичен данному случаю):
http://git.altlinux.org/tasks/38420/build/100/i586/log

Как видно, поломка происходит именно из-за debuginfo:

mpif77 -o climate mutils.o srcmodel.o dstmodel.o coupler.o master.o 
-pipe -Wall -g -O2 -march=i586 -mtune=i686 -fPIC -DPIC 
-L/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mpeu -L/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mct 
-lmct -lmpeu  -L/usr/lib/openmpi/lib -lmpi_f77 -lmpi_f90 -lmpi 
-Wl,-R/usr/lib/openmpi/lib
/usr/bin/ld: master.o(.debug_info+0xd5e): unresolvable R_386_32 
relocation against symbol `mpi_fortran_argv_null_'
/usr/bin/ld: final link failed: Nonrepresentable section on output

Как такое лечить?

-- 

REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ

Re: [devel] openmpi & debuginfo

[REAL]

11.02.2011 11:19, REAL пишет:
> Как видно, поломка происходит именно из-за debuginfo:
>
> mpif77 -o climate mutils.o srcmodel.o dstmodel.o coupler.o master.o
> -pipe -Wall -g -O2 -march=i586 -mtune=i686 -fPIC -DPIC
> -L/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mpeu -L/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mct
> -lmct -lmpeu -L/usr/lib/openmpi/lib -lmpi_f77 -lmpi_f90 -lmpi
> -Wl,-R/usr/lib/openmpi/lib
> /usr/bin/ld: master.o(.debug_info+0xd5e): unresolvable R_386_32
> relocation against symbol `mpi_fortran_argv_null_'
> /usr/bin/ld: final link failed: Nonrepresentable section on output

Убрал -g из флагов компилятора, ошибка пропала. Вопрос: отказываться 
от debuginfo для проблемных пакетов (чего не хотелось бы, особенно в 
случае libhdf5-mpi и тем более petsc) или будет какое-то решение?

-- 

REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ

Re: [devel] openmpi & debuginfo

[Dmitry V. Levin]

[-- Attachment #1: Type: text/plain, Size: 1294 bytes --]

On Fri, Feb 11, 2011 at 11:19:52AM +0600, REAL wrote:
> Привет!
> 
> Раньше я уже поднимал вопрос про 
> сломанную сборку libhdf5-mpi 
> (http://git.altlinux.org/beehive/logs/Sisyphus-i586/latest/error/libhdf5-6-mpi-1.8.5_patch1-alt1 
> ). Я покопался в config.log, но, чтобы было 
> понятней другим, вот более наглядный 
> пример (он полностью аналогичен данному 
> случаю):
> http://git.altlinux.org/tasks/38420/build/100/i586/log
> 
> Как видно, поломка происходит именно 
> из-за debuginfo:
> 
> mpif77 -o climate mutils.o srcmodel.o dstmodel.o coupler.o master.o 
> -pipe -Wall -g -O2 -march=i586 -mtune=i686 -fPIC -DPIC 
> -L/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mpeu -L/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mct 
> -lmct -lmpeu  -L/usr/lib/openmpi/lib -lmpi_f77 -lmpi_f90 -lmpi 
> -Wl,-R/usr/lib/openmpi/lib
> /usr/bin/ld: master.o(.debug_info+0xd5e): unresolvable R_386_32 
> relocation against symbol `mpi_fortran_argv_null_'
> /usr/bin/ld: final link failed: Nonrepresentable section on output
> 
> Как такое лечить?

В этот момент в сборочной среде нет ни одного debuginfo-пакета.
Похоже что кто-то очень рассчитывает на mpi_fortran_argv_null_, который
уехал в какой-то debuginfo-пакет.  Попробуйте найти файл, в котором сейчас
живет mpi_fortran_argv_null_.


-- 
ldv

[-- Attachment #2: Type: application/pgp-signature, Size: 198 bytes --]

Re: [devel] openmpi & debuginfo

[REAL]

11.02.2011 15:35, Dmitry V. Levin пишет:
>> mpif77 -o climate mutils.o srcmodel.o dstmodel.o coupler.o master.o
>> -pipe -Wall -g -O2 -march=i586 -mtune=i686 -fPIC -DPIC
>> -L/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mpeu -L/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mct
>> -lmct -lmpeu  -L/usr/lib/openmpi/lib -lmpi_f77 -lmpi_f90 -lmpi
>> -Wl,-R/usr/lib/openmpi/lib
>> /usr/bin/ld: master.o(.debug_info+0xd5e): unresolvable R_386_32
>> relocation against symbol `mpi_fortran_argv_null_'
>> /usr/bin/ld: final link failed: Nonrepresentable section on output
>>
> В этот момент в сборочной среде нет ни одного debuginfo-пакета.
> Похоже что кто-то очень рассчитывает на mpi_fortran_argv_null_, который
> уехал в какой-то debuginfo-пакет.  Попробуйте найти файл, в котором сейчас
> живет mpi_fortran_argv_null_.

Он во многих файлах *.o, созданных во время сборки. Не помню, есть ли 
он в самом master.o, сейчас буду смотреть.

-- 

REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ

Re: [devel] openmpi & debuginfo

[Dmitry V. Levin]

[-- Attachment #1: Type: text/plain, Size: 1096 bytes --]

On Fri, Feb 11, 2011 at 03:57:48PM +0600, REAL wrote:
> 11.02.2011 15:45, REAL пишет:
> >Он во многих файлах *.o, созданных во 
> >время сборки. Не помню, есть ли
> >он в самом master.o, сейчас буду смотреть.
> 
> $ nm master.o|grep fortran
>                  U _gfortran_set_args
>                  U _gfortran_set_options
> 0000000000000001 C mpi_fortran_argv_null_
> 0000000000000008 C mpi_fortran_argvs_null_
> 0000000000000004 C mpi_fortran_bottom_
> 0000000000000004 C mpi_fortran_errcodes_ignore_
> 0000000000000004 C mpi_fortran_in_place_
> 0000000000000014 C mpi_fortran_status_ignore_
> 0000000000000008 C mpi_fortran_statuses_ignore_
> 
> Сам master собирался так:
> mpif77 -c -I/usr/lib/openmpi/include -DSYSLINUX -DCPRUNKNOWNCPR -pipe 
> -Wall -g -O2 -fPIC -DPIC -I/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mpeu 
> -I/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mct master.F90

Ну хорошо, mpi_fortran_argv_null_ это common symbol.
А при чем тут debuginfo-пакеты?  Только если что-то слишком сильно
пострипалось из библиотек, которые используются в вышеприведенной команде.


-- 
ldv

[-- Attachment #2: Type: application/pgp-signature, Size: 198 bytes --]

Re: [devel] openmpi & debuginfo

[REAL]

11.02.2011 15:45, REAL пишет:
> Он во многих файлах *.o, созданных во время сборки. Не помню, есть ли
> он в самом master.o, сейчас буду смотреть.

$ nm master.o|grep fortran
                  U _gfortran_set_args
                  U _gfortran_set_options
0000000000000001 C mpi_fortran_argv_null_
0000000000000008 C mpi_fortran_argvs_null_
0000000000000004 C mpi_fortran_bottom_
0000000000000004 C mpi_fortran_errcodes_ignore_
0000000000000004 C mpi_fortran_in_place_
0000000000000014 C mpi_fortran_status_ignore_
0000000000000008 C mpi_fortran_statuses_ignore_

Сам master собирался так:
mpif77 -c -I/usr/lib/openmpi/include -DSYSLINUX -DCPRUNKNOWNCPR -pipe 
-Wall -g -O2 -fPIC -DPIC -I/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mpeu 
-I/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mct master.F90

Если собрать без -g, nm выдаёт то же самое.

-- 

REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ

Re: [devel] openmpi & debuginfo

[Dmitry V. Levin]

[-- Attachment #1: Type: text/plain, Size: 1103 bytes --]

On Fri, Feb 11, 2011 at 04:07:19PM +0600, REAL wrote:
> 11.02.2011 15:56, Dmitry V. Levin пишет:
> >>mpif77 -c -I/usr/lib/openmpi/include -DSYSLINUX -DCPRUNKNOWNCPR -pipe
> >>-Wall -g -O2 -fPIC -DPIC -I/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mpeu
> >>-I/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mct master.F90
> >
> >Ну хорошо, mpi_fortran_argv_null_ это common symbol.
> >А при чем тут debuginfo-пакеты?  Только если 
> >что-то слишком сильно
> >пострипалось из библиотек, которые 
> >используются в вышеприведенной команде.
> 
> Я не про debuginfo-пакеты, я про сам debuginfo. 
> Говорю же, если этот master.o собрать без -g, 
> ошибка исчезает. Вот что с этим делать, 
> даже не знаю. Можно, наверно, для него 
> действительно особые флаги завести, чтоб 
> без -g было, но, поскольку такая ошибка 
> воспроизводится не только в этом пакете, 
> даже сложно сообразить, что делать.

Раньше неоднократно спрашивали, что может испортиться, если
добавить -g в %optflags.  Теперь мы видим. ;)

Интересно, кто-нибудь еще на планете пакует этот софт?
Если да, то как там решают эту проблему?


-- 
ldv

[-- Attachment #2: Type: application/pgp-signature, Size: 198 bytes --]

Re: [devel] openmpi & debuginfo

[REAL]

11.02.2011 15:56, Dmitry V. Levin пишет:
>> mpif77 -c -I/usr/lib/openmpi/include -DSYSLINUX -DCPRUNKNOWNCPR -pipe
>> -Wall -g -O2 -fPIC -DPIC -I/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mpeu
>> -I/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mct master.F90
>
> Ну хорошо, mpi_fortran_argv_null_ это common symbol.
> А при чем тут debuginfo-пакеты?  Только если что-то слишком сильно
> пострипалось из библиотек, которые используются в вышеприведенной команде.

Я не про debuginfo-пакеты, я про сам debuginfo. Говорю же, если этот 
master.o собрать без -g, ошибка исчезает. Вот что с этим делать, даже 
не знаю. Можно, наверно, для него действительно особые флаги завести, 
чтоб без -g было, но, поскольку такая ошибка воспроизводится не только 
в этом пакете, даже сложно сообразить, что делать.

-- 

REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ

Re: [devel] openmpi & debuginfo

[REAL]

11.02.2011 16:04, Dmitry V. Levin пишет:
> Раньше неоднократно спрашивали, что может испортиться, если
> добавить -g в %optflags.  Теперь мы видим. ;)

:-D

> Интересно, кто-нибудь еще на планете пакует этот софт?

Ну вот libhdf5 используют довольно активно. PETSc тоже довольно 
авторитетен в определённых кругах.

> Если да, то как там решают эту проблему?

Насчёт этого даже не знаю. На выходных (а они у меня растянутся на 2 
недели ;) ) буду терзать гугл.

-- 

REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ

Re: [devel] openmpi & debuginfo

[REAL]

11.02.2011 16:20, REAL пишет:
>> Интересно, кто-нибудь еще на планете пакует этот софт?
>> Если да, то как там решают эту проблему?
>
> Насчёт этого даже не знаю. На выходных (а они у меня растянутся на 2
> недели ;) ) буду терзать гугл.

беглая пробежка показала, что проблема в OpenMPI. если в команду 
линковки добавить -Wl,--no-as-needed -lmpi_f90 -Wl,--as-needed,
всё собирается как надо. по словам дебианщиков, в апстрим весточка уже 
ушла.

так что я пока, наверно, не буду такой workaround использовать, но, 
если с OpenMPI затянется, придётся, однако.

-- 

REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ