* [devel] openmpi & debuginfo
@ 2011-02-11 5:19 REAL
2011-02-11 7:51 ` REAL
2011-02-11 9:35 ` Dmitry V. Levin
0 siblings, 2 replies; 10+ messages in thread
From: REAL @ 2011-02-11 5:19 UTC (permalink / raw)
To: ALT Linux Team development discussions
Привет!
Раньше я уже поднимал вопрос про сломанную сборку libhdf5-mpi
(http://git.altlinux.org/beehive/logs/Sisyphus-i586/latest/error/libhdf5-6-mpi-1.8.5_patch1-alt1
). Я покопался в config.log, но, чтобы было понятней другим, вот более
наглядный пример (он полностью аналогичен данному случаю):
http://git.altlinux.org/tasks/38420/build/100/i586/log
Как видно, поломка происходит именно из-за debuginfo:
mpif77 -o climate mutils.o srcmodel.o dstmodel.o coupler.o master.o
-pipe -Wall -g -O2 -march=i586 -mtune=i686 -fPIC -DPIC
-L/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mpeu -L/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mct
-lmct -lmpeu -L/usr/lib/openmpi/lib -lmpi_f77 -lmpi_f90 -lmpi
-Wl,-R/usr/lib/openmpi/lib
/usr/bin/ld: master.o(.debug_info+0xd5e): unresolvable R_386_32
relocation against symbol `mpi_fortran_argv_null_'
/usr/bin/ld: final link failed: Nonrepresentable section on output
Как такое лечить?
--
REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ
^ permalink raw reply [flat|nested] 10+ messages in thread
* Re: [devel] openmpi & debuginfo
2011-02-11 5:19 [devel] openmpi & debuginfo REAL
@ 2011-02-11 7:51 ` REAL
2011-02-11 9:35 ` Dmitry V. Levin
1 sibling, 0 replies; 10+ messages in thread
From: REAL @ 2011-02-11 7:51 UTC (permalink / raw)
To: ALT Linux Team development discussions
11.02.2011 11:19, REAL пишет:
> Как видно, поломка происходит именно из-за debuginfo:
>
> mpif77 -o climate mutils.o srcmodel.o dstmodel.o coupler.o master.o
> -pipe -Wall -g -O2 -march=i586 -mtune=i686 -fPIC -DPIC
> -L/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mpeu -L/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mct
> -lmct -lmpeu -L/usr/lib/openmpi/lib -lmpi_f77 -lmpi_f90 -lmpi
> -Wl,-R/usr/lib/openmpi/lib
> /usr/bin/ld: master.o(.debug_info+0xd5e): unresolvable R_386_32
> relocation against symbol `mpi_fortran_argv_null_'
> /usr/bin/ld: final link failed: Nonrepresentable section on output
Убрал -g из флагов компилятора, ошибка пропала. Вопрос: отказываться
от debuginfo для проблемных пакетов (чего не хотелось бы, особенно в
случае libhdf5-mpi и тем более petsc) или будет какое-то решение?
--
REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ
^ permalink raw reply [flat|nested] 10+ messages in thread
* Re: [devel] openmpi & debuginfo
2011-02-11 5:19 [devel] openmpi & debuginfo REAL
2011-02-11 7:51 ` REAL
@ 2011-02-11 9:35 ` Dmitry V. Levin
2011-02-11 9:45 ` REAL
1 sibling, 1 reply; 10+ messages in thread
From: Dmitry V. Levin @ 2011-02-11 9:35 UTC (permalink / raw)
To: ALT Linux Team development discussions
[-- Attachment #1: Type: text/plain, Size: 1294 bytes --]
On Fri, Feb 11, 2011 at 11:19:52AM +0600, REAL wrote:
> Привет!
>
> Раньше я уже поднимал вопрос про
> сломанную сборку libhdf5-mpi
> (http://git.altlinux.org/beehive/logs/Sisyphus-i586/latest/error/libhdf5-6-mpi-1.8.5_patch1-alt1
> ). Я покопался в config.log, но, чтобы было
> понятней другим, вот более наглядный
> пример (он полностью аналогичен данному
> случаю):
> http://git.altlinux.org/tasks/38420/build/100/i586/log
>
> Как видно, поломка происходит именно
> из-за debuginfo:
>
> mpif77 -o climate mutils.o srcmodel.o dstmodel.o coupler.o master.o
> -pipe -Wall -g -O2 -march=i586 -mtune=i686 -fPIC -DPIC
> -L/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mpeu -L/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mct
> -lmct -lmpeu -L/usr/lib/openmpi/lib -lmpi_f77 -lmpi_f90 -lmpi
> -Wl,-R/usr/lib/openmpi/lib
> /usr/bin/ld: master.o(.debug_info+0xd5e): unresolvable R_386_32
> relocation against symbol `mpi_fortran_argv_null_'
> /usr/bin/ld: final link failed: Nonrepresentable section on output
>
> Как такое лечить?
В этот момент в сборочной среде нет ни одного debuginfo-пакета.
Похоже что кто-то очень рассчитывает на mpi_fortran_argv_null_, который
уехал в какой-то debuginfo-пакет. Попробуйте найти файл, в котором сейчас
живет mpi_fortran_argv_null_.
--
ldv
[-- Attachment #2: Type: application/pgp-signature, Size: 198 bytes --]
^ permalink raw reply [flat|nested] 10+ messages in thread
* Re: [devel] openmpi & debuginfo
2011-02-11 9:35 ` Dmitry V. Levin
@ 2011-02-11 9:45 ` REAL
2011-02-11 9:57 ` REAL
0 siblings, 1 reply; 10+ messages in thread
From: REAL @ 2011-02-11 9:45 UTC (permalink / raw)
To: ALT Linux Team development discussions
11.02.2011 15:35, Dmitry V. Levin пишет:
>> mpif77 -o climate mutils.o srcmodel.o dstmodel.o coupler.o master.o
>> -pipe -Wall -g -O2 -march=i586 -mtune=i686 -fPIC -DPIC
>> -L/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mpeu -L/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mct
>> -lmct -lmpeu -L/usr/lib/openmpi/lib -lmpi_f77 -lmpi_f90 -lmpi
>> -Wl,-R/usr/lib/openmpi/lib
>> /usr/bin/ld: master.o(.debug_info+0xd5e): unresolvable R_386_32
>> relocation against symbol `mpi_fortran_argv_null_'
>> /usr/bin/ld: final link failed: Nonrepresentable section on output
>>
> В этот момент в сборочной среде нет ни одного debuginfo-пакета.
> Похоже что кто-то очень рассчитывает на mpi_fortran_argv_null_, который
> уехал в какой-то debuginfo-пакет. Попробуйте найти файл, в котором сейчас
> живет mpi_fortran_argv_null_.
Он во многих файлах *.o, созданных во время сборки. Не помню, есть ли
он в самом master.o, сейчас буду смотреть.
--
REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ
^ permalink raw reply [flat|nested] 10+ messages in thread
* Re: [devel] openmpi & debuginfo
2011-02-11 9:57 ` REAL
@ 2011-02-11 9:56 ` Dmitry V. Levin
2011-02-11 10:07 ` REAL
0 siblings, 1 reply; 10+ messages in thread
From: Dmitry V. Levin @ 2011-02-11 9:56 UTC (permalink / raw)
To: ALT Linux Team development discussions
[-- Attachment #1: Type: text/plain, Size: 1096 bytes --]
On Fri, Feb 11, 2011 at 03:57:48PM +0600, REAL wrote:
> 11.02.2011 15:45, REAL пишет:
> >Он во многих файлах *.o, созданных во
> >время сборки. Не помню, есть ли
> >он в самом master.o, сейчас буду смотреть.
>
> $ nm master.o|grep fortran
> U _gfortran_set_args
> U _gfortran_set_options
> 0000000000000001 C mpi_fortran_argv_null_
> 0000000000000008 C mpi_fortran_argvs_null_
> 0000000000000004 C mpi_fortran_bottom_
> 0000000000000004 C mpi_fortran_errcodes_ignore_
> 0000000000000004 C mpi_fortran_in_place_
> 0000000000000014 C mpi_fortran_status_ignore_
> 0000000000000008 C mpi_fortran_statuses_ignore_
>
> Сам master собирался так:
> mpif77 -c -I/usr/lib/openmpi/include -DSYSLINUX -DCPRUNKNOWNCPR -pipe
> -Wall -g -O2 -fPIC -DPIC -I/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mpeu
> -I/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mct master.F90
Ну хорошо, mpi_fortran_argv_null_ это common symbol.
А при чем тут debuginfo-пакеты? Только если что-то слишком сильно
пострипалось из библиотек, которые используются в вышеприведенной команде.
--
ldv
[-- Attachment #2: Type: application/pgp-signature, Size: 198 bytes --]
^ permalink raw reply [flat|nested] 10+ messages in thread
* Re: [devel] openmpi & debuginfo
2011-02-11 9:45 ` REAL
@ 2011-02-11 9:57 ` REAL
2011-02-11 9:56 ` Dmitry V. Levin
0 siblings, 1 reply; 10+ messages in thread
From: REAL @ 2011-02-11 9:57 UTC (permalink / raw)
To: ALT Linux Team development discussions
11.02.2011 15:45, REAL пишет:
> Он во многих файлах *.o, созданных во время сборки. Не помню, есть ли
> он в самом master.o, сейчас буду смотреть.
$ nm master.o|grep fortran
U _gfortran_set_args
U _gfortran_set_options
0000000000000001 C mpi_fortran_argv_null_
0000000000000008 C mpi_fortran_argvs_null_
0000000000000004 C mpi_fortran_bottom_
0000000000000004 C mpi_fortran_errcodes_ignore_
0000000000000004 C mpi_fortran_in_place_
0000000000000014 C mpi_fortran_status_ignore_
0000000000000008 C mpi_fortran_statuses_ignore_
Сам master собирался так:
mpif77 -c -I/usr/lib/openmpi/include -DSYSLINUX -DCPRUNKNOWNCPR -pipe
-Wall -g -O2 -fPIC -DPIC -I/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mpeu
-I/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mct master.F90
Если собрать без -g, nm выдаёт то же самое.
--
REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ
^ permalink raw reply [flat|nested] 10+ messages in thread
* Re: [devel] openmpi & debuginfo
2011-02-11 10:07 ` REAL
@ 2011-02-11 10:04 ` Dmitry V. Levin
2011-02-11 10:20 ` REAL
0 siblings, 1 reply; 10+ messages in thread
From: Dmitry V. Levin @ 2011-02-11 10:04 UTC (permalink / raw)
To: ALT Linux Team development discussions
[-- Attachment #1: Type: text/plain, Size: 1103 bytes --]
On Fri, Feb 11, 2011 at 04:07:19PM +0600, REAL wrote:
> 11.02.2011 15:56, Dmitry V. Levin пишет:
> >>mpif77 -c -I/usr/lib/openmpi/include -DSYSLINUX -DCPRUNKNOWNCPR -pipe
> >>-Wall -g -O2 -fPIC -DPIC -I/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mpeu
> >>-I/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mct master.F90
> >
> >Ну хорошо, mpi_fortran_argv_null_ это common symbol.
> >А при чем тут debuginfo-пакеты? Только если
> >что-то слишком сильно
> >пострипалось из библиотек, которые
> >используются в вышеприведенной команде.
>
> Я не про debuginfo-пакеты, я про сам debuginfo.
> Говорю же, если этот master.o собрать без -g,
> ошибка исчезает. Вот что с этим делать,
> даже не знаю. Можно, наверно, для него
> действительно особые флаги завести, чтоб
> без -g было, но, поскольку такая ошибка
> воспроизводится не только в этом пакете,
> даже сложно сообразить, что делать.
Раньше неоднократно спрашивали, что может испортиться, если
добавить -g в %optflags. Теперь мы видим. ;)
Интересно, кто-нибудь еще на планете пакует этот софт?
Если да, то как там решают эту проблему?
--
ldv
[-- Attachment #2: Type: application/pgp-signature, Size: 198 bytes --]
^ permalink raw reply [flat|nested] 10+ messages in thread
* Re: [devel] openmpi & debuginfo
2011-02-11 9:56 ` Dmitry V. Levin
@ 2011-02-11 10:07 ` REAL
2011-02-11 10:04 ` Dmitry V. Levin
0 siblings, 1 reply; 10+ messages in thread
From: REAL @ 2011-02-11 10:07 UTC (permalink / raw)
To: ALT Linux Team development discussions
11.02.2011 15:56, Dmitry V. Levin пишет:
>> mpif77 -c -I/usr/lib/openmpi/include -DSYSLINUX -DCPRUNKNOWNCPR -pipe
>> -Wall -g -O2 -fPIC -DPIC -I/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mpeu
>> -I/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mct master.F90
>
> Ну хорошо, mpi_fortran_argv_null_ это common symbol.
> А при чем тут debuginfo-пакеты? Только если что-то слишком сильно
> пострипалось из библиотек, которые используются в вышеприведенной команде.
Я не про debuginfo-пакеты, я про сам debuginfo. Говорю же, если этот
master.o собрать без -g, ошибка исчезает. Вот что с этим делать, даже
не знаю. Можно, наверно, для него действительно особые флаги завести,
чтоб без -g было, но, поскольку такая ошибка воспроизводится не только
в этом пакете, даже сложно сообразить, что делать.
--
REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ
^ permalink raw reply [flat|nested] 10+ messages in thread
* Re: [devel] openmpi & debuginfo
2011-02-11 10:04 ` Dmitry V. Levin
@ 2011-02-11 10:20 ` REAL
2011-02-14 9:19 ` REAL
0 siblings, 1 reply; 10+ messages in thread
From: REAL @ 2011-02-11 10:20 UTC (permalink / raw)
To: ALT Linux Team development discussions
11.02.2011 16:04, Dmitry V. Levin пишет:
> Раньше неоднократно спрашивали, что может испортиться, если
> добавить -g в %optflags. Теперь мы видим. ;)
:-D
> Интересно, кто-нибудь еще на планете пакует этот софт?
Ну вот libhdf5 используют довольно активно. PETSc тоже довольно
авторитетен в определённых кругах.
> Если да, то как там решают эту проблему?
Насчёт этого даже не знаю. На выходных (а они у меня растянутся на 2
недели ;) ) буду терзать гугл.
--
REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ
^ permalink raw reply [flat|nested] 10+ messages in thread
* Re: [devel] openmpi & debuginfo
2011-02-11 10:20 ` REAL
@ 2011-02-14 9:19 ` REAL
0 siblings, 0 replies; 10+ messages in thread
From: REAL @ 2011-02-14 9:19 UTC (permalink / raw)
To: ALT Linux Team development discussions
11.02.2011 16:20, REAL пишет:
>> Интересно, кто-нибудь еще на планете пакует этот софт?
>> Если да, то как там решают эту проблему?
>
> Насчёт этого даже не знаю. На выходных (а они у меня растянутся на 2
> недели ;) ) буду терзать гугл.
беглая пробежка показала, что проблема в OpenMPI. если в команду
линковки добавить -Wl,--no-as-needed -lmpi_f90 -Wl,--as-needed,
всё собирается как надо. по словам дебианщиков, в апстрим весточка уже
ушла.
так что я пока, наверно, не буду такой workaround использовать, но,
если с OpenMPI затянется, придётся, однако.
--
REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ
^ permalink raw reply [flat|nested] 10+ messages in thread
end of thread, other threads:[~2011-02-14 9:19 UTC | newest]
Thread overview: 10+ messages (download: mbox.gz / follow: Atom feed)
-- links below jump to the message on this page --
2011-02-11 5:19 [devel] openmpi & debuginfo REAL
2011-02-11 7:51 ` REAL
2011-02-11 9:35 ` Dmitry V. Levin
2011-02-11 9:45 ` REAL
2011-02-11 9:57 ` REAL
2011-02-11 9:56 ` Dmitry V. Levin
2011-02-11 10:07 ` REAL
2011-02-11 10:04 ` Dmitry V. Levin
2011-02-11 10:20 ` REAL
2011-02-14 9:19 ` REAL
ALT Linux Team development discussions
This inbox may be cloned and mirrored by anyone:
git clone --mirror http://lore.altlinux.org/devel/0 devel/git/0.git
# If you have public-inbox 1.1+ installed, you may
# initialize and index your mirror using the following commands:
public-inbox-init -V2 devel devel/ http://lore.altlinux.org/devel \
devel@altlinux.org devel@altlinux.ru devel@lists.altlinux.org devel@lists.altlinux.ru devel@linux.iplabs.ru mandrake-russian@linuxteam.iplabs.ru sisyphus@linuxteam.iplabs.ru
public-inbox-index devel
Example config snippet for mirrors.
Newsgroup available over NNTP:
nntp://lore.altlinux.org/org.altlinux.lists.devel
AGPL code for this site: git clone https://public-inbox.org/public-inbox.git