* [devel] openmpi & debuginfo @ 2011-02-11 5:19 REAL 2011-02-11 7:51 ` REAL 2011-02-11 9:35 ` Dmitry V. Levin 0 siblings, 2 replies; 10+ messages in thread From: REAL @ 2011-02-11 5:19 UTC (permalink / raw) To: ALT Linux Team development discussions Привет! Раньше я уже поднимал вопрос про сломанную сборку libhdf5-mpi (http://git.altlinux.org/beehive/logs/Sisyphus-i586/latest/error/libhdf5-6-mpi-1.8.5_patch1-alt1 ). Я покопался в config.log, но, чтобы было понятней другим, вот более наглядный пример (он полностью аналогичен данному случаю): http://git.altlinux.org/tasks/38420/build/100/i586/log Как видно, поломка происходит именно из-за debuginfo: mpif77 -o climate mutils.o srcmodel.o dstmodel.o coupler.o master.o -pipe -Wall -g -O2 -march=i586 -mtune=i686 -fPIC -DPIC -L/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mpeu -L/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mct -lmct -lmpeu -L/usr/lib/openmpi/lib -lmpi_f77 -lmpi_f90 -lmpi -Wl,-R/usr/lib/openmpi/lib /usr/bin/ld: master.o(.debug_info+0xd5e): unresolvable R_386_32 relocation against symbol `mpi_fortran_argv_null_' /usr/bin/ld: final link failed: Nonrepresentable section on output Как такое лечить? -- REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ ^ permalink raw reply [flat|nested] 10+ messages in thread
* Re: [devel] openmpi & debuginfo 2011-02-11 5:19 [devel] openmpi & debuginfo REAL @ 2011-02-11 7:51 ` REAL 2011-02-11 9:35 ` Dmitry V. Levin 1 sibling, 0 replies; 10+ messages in thread From: REAL @ 2011-02-11 7:51 UTC (permalink / raw) To: ALT Linux Team development discussions 11.02.2011 11:19, REAL пишет: > Как видно, поломка происходит именно из-за debuginfo: > > mpif77 -o climate mutils.o srcmodel.o dstmodel.o coupler.o master.o > -pipe -Wall -g -O2 -march=i586 -mtune=i686 -fPIC -DPIC > -L/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mpeu -L/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mct > -lmct -lmpeu -L/usr/lib/openmpi/lib -lmpi_f77 -lmpi_f90 -lmpi > -Wl,-R/usr/lib/openmpi/lib > /usr/bin/ld: master.o(.debug_info+0xd5e): unresolvable R_386_32 > relocation against symbol `mpi_fortran_argv_null_' > /usr/bin/ld: final link failed: Nonrepresentable section on output Убрал -g из флагов компилятора, ошибка пропала. Вопрос: отказываться от debuginfo для проблемных пакетов (чего не хотелось бы, особенно в случае libhdf5-mpi и тем более petsc) или будет какое-то решение? -- REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ ^ permalink raw reply [flat|nested] 10+ messages in thread
* Re: [devel] openmpi & debuginfo 2011-02-11 5:19 [devel] openmpi & debuginfo REAL 2011-02-11 7:51 ` REAL @ 2011-02-11 9:35 ` Dmitry V. Levin 2011-02-11 9:45 ` REAL 1 sibling, 1 reply; 10+ messages in thread From: Dmitry V. Levin @ 2011-02-11 9:35 UTC (permalink / raw) To: ALT Linux Team development discussions [-- Attachment #1: Type: text/plain, Size: 1294 bytes --] On Fri, Feb 11, 2011 at 11:19:52AM +0600, REAL wrote: > Привет! > > Раньше я уже поднимал вопрос про > сломанную сборку libhdf5-mpi > (http://git.altlinux.org/beehive/logs/Sisyphus-i586/latest/error/libhdf5-6-mpi-1.8.5_patch1-alt1 > ). Я покопался в config.log, но, чтобы было > понятней другим, вот более наглядный > пример (он полностью аналогичен данному > случаю): > http://git.altlinux.org/tasks/38420/build/100/i586/log > > Как видно, поломка происходит именно > из-за debuginfo: > > mpif77 -o climate mutils.o srcmodel.o dstmodel.o coupler.o master.o > -pipe -Wall -g -O2 -march=i586 -mtune=i686 -fPIC -DPIC > -L/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mpeu -L/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mct > -lmct -lmpeu -L/usr/lib/openmpi/lib -lmpi_f77 -lmpi_f90 -lmpi > -Wl,-R/usr/lib/openmpi/lib > /usr/bin/ld: master.o(.debug_info+0xd5e): unresolvable R_386_32 > relocation against symbol `mpi_fortran_argv_null_' > /usr/bin/ld: final link failed: Nonrepresentable section on output > > Как такое лечить? В этот момент в сборочной среде нет ни одного debuginfo-пакета. Похоже что кто-то очень рассчитывает на mpi_fortran_argv_null_, который уехал в какой-то debuginfo-пакет. Попробуйте найти файл, в котором сейчас живет mpi_fortran_argv_null_. -- ldv [-- Attachment #2: Type: application/pgp-signature, Size: 198 bytes --] ^ permalink raw reply [flat|nested] 10+ messages in thread
* Re: [devel] openmpi & debuginfo 2011-02-11 9:35 ` Dmitry V. Levin @ 2011-02-11 9:45 ` REAL 2011-02-11 9:57 ` REAL 0 siblings, 1 reply; 10+ messages in thread From: REAL @ 2011-02-11 9:45 UTC (permalink / raw) To: ALT Linux Team development discussions 11.02.2011 15:35, Dmitry V. Levin пишет: >> mpif77 -o climate mutils.o srcmodel.o dstmodel.o coupler.o master.o >> -pipe -Wall -g -O2 -march=i586 -mtune=i686 -fPIC -DPIC >> -L/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mpeu -L/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mct >> -lmct -lmpeu -L/usr/lib/openmpi/lib -lmpi_f77 -lmpi_f90 -lmpi >> -Wl,-R/usr/lib/openmpi/lib >> /usr/bin/ld: master.o(.debug_info+0xd5e): unresolvable R_386_32 >> relocation against symbol `mpi_fortran_argv_null_' >> /usr/bin/ld: final link failed: Nonrepresentable section on output >> > В этот момент в сборочной среде нет ни одного debuginfo-пакета. > Похоже что кто-то очень рассчитывает на mpi_fortran_argv_null_, который > уехал в какой-то debuginfo-пакет. Попробуйте найти файл, в котором сейчас > живет mpi_fortran_argv_null_. Он во многих файлах *.o, созданных во время сборки. Не помню, есть ли он в самом master.o, сейчас буду смотреть. -- REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ ^ permalink raw reply [flat|nested] 10+ messages in thread
* Re: [devel] openmpi & debuginfo 2011-02-11 9:45 ` REAL @ 2011-02-11 9:57 ` REAL 2011-02-11 9:56 ` Dmitry V. Levin 0 siblings, 1 reply; 10+ messages in thread From: REAL @ 2011-02-11 9:57 UTC (permalink / raw) To: ALT Linux Team development discussions 11.02.2011 15:45, REAL пишет: > Он во многих файлах *.o, созданных во время сборки. Не помню, есть ли > он в самом master.o, сейчас буду смотреть. $ nm master.o|grep fortran U _gfortran_set_args U _gfortran_set_options 0000000000000001 C mpi_fortran_argv_null_ 0000000000000008 C mpi_fortran_argvs_null_ 0000000000000004 C mpi_fortran_bottom_ 0000000000000004 C mpi_fortran_errcodes_ignore_ 0000000000000004 C mpi_fortran_in_place_ 0000000000000014 C mpi_fortran_status_ignore_ 0000000000000008 C mpi_fortran_statuses_ignore_ Сам master собирался так: mpif77 -c -I/usr/lib/openmpi/include -DSYSLINUX -DCPRUNKNOWNCPR -pipe -Wall -g -O2 -fPIC -DPIC -I/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mpeu -I/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mct master.F90 Если собрать без -g, nm выдаёт то же самое. -- REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ ^ permalink raw reply [flat|nested] 10+ messages in thread
* Re: [devel] openmpi & debuginfo 2011-02-11 9:57 ` REAL @ 2011-02-11 9:56 ` Dmitry V. Levin 2011-02-11 10:07 ` REAL 0 siblings, 1 reply; 10+ messages in thread From: Dmitry V. Levin @ 2011-02-11 9:56 UTC (permalink / raw) To: ALT Linux Team development discussions [-- Attachment #1: Type: text/plain, Size: 1096 bytes --] On Fri, Feb 11, 2011 at 03:57:48PM +0600, REAL wrote: > 11.02.2011 15:45, REAL пишет: > >Он во многих файлах *.o, созданных во > >время сборки. Не помню, есть ли > >он в самом master.o, сейчас буду смотреть. > > $ nm master.o|grep fortran > U _gfortran_set_args > U _gfortran_set_options > 0000000000000001 C mpi_fortran_argv_null_ > 0000000000000008 C mpi_fortran_argvs_null_ > 0000000000000004 C mpi_fortran_bottom_ > 0000000000000004 C mpi_fortran_errcodes_ignore_ > 0000000000000004 C mpi_fortran_in_place_ > 0000000000000014 C mpi_fortran_status_ignore_ > 0000000000000008 C mpi_fortran_statuses_ignore_ > > Сам master собирался так: > mpif77 -c -I/usr/lib/openmpi/include -DSYSLINUX -DCPRUNKNOWNCPR -pipe > -Wall -g -O2 -fPIC -DPIC -I/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mpeu > -I/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mct master.F90 Ну хорошо, mpi_fortran_argv_null_ это common symbol. А при чем тут debuginfo-пакеты? Только если что-то слишком сильно пострипалось из библиотек, которые используются в вышеприведенной команде. -- ldv [-- Attachment #2: Type: application/pgp-signature, Size: 198 bytes --] ^ permalink raw reply [flat|nested] 10+ messages in thread
* Re: [devel] openmpi & debuginfo 2011-02-11 9:56 ` Dmitry V. Levin @ 2011-02-11 10:07 ` REAL 2011-02-11 10:04 ` Dmitry V. Levin 0 siblings, 1 reply; 10+ messages in thread From: REAL @ 2011-02-11 10:07 UTC (permalink / raw) To: ALT Linux Team development discussions 11.02.2011 15:56, Dmitry V. Levin пишет: >> mpif77 -c -I/usr/lib/openmpi/include -DSYSLINUX -DCPRUNKNOWNCPR -pipe >> -Wall -g -O2 -fPIC -DPIC -I/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mpeu >> -I/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mct master.F90 > > Ну хорошо, mpi_fortran_argv_null_ это common symbol. > А при чем тут debuginfo-пакеты? Только если что-то слишком сильно > пострипалось из библиотек, которые используются в вышеприведенной команде. Я не про debuginfo-пакеты, я про сам debuginfo. Говорю же, если этот master.o собрать без -g, ошибка исчезает. Вот что с этим делать, даже не знаю. Можно, наверно, для него действительно особые флаги завести, чтоб без -g было, но, поскольку такая ошибка воспроизводится не только в этом пакете, даже сложно сообразить, что делать. -- REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ ^ permalink raw reply [flat|nested] 10+ messages in thread
* Re: [devel] openmpi & debuginfo 2011-02-11 10:07 ` REAL @ 2011-02-11 10:04 ` Dmitry V. Levin 2011-02-11 10:20 ` REAL 0 siblings, 1 reply; 10+ messages in thread From: Dmitry V. Levin @ 2011-02-11 10:04 UTC (permalink / raw) To: ALT Linux Team development discussions [-- Attachment #1: Type: text/plain, Size: 1103 bytes --] On Fri, Feb 11, 2011 at 04:07:19PM +0600, REAL wrote: > 11.02.2011 15:56, Dmitry V. Levin пишет: > >>mpif77 -c -I/usr/lib/openmpi/include -DSYSLINUX -DCPRUNKNOWNCPR -pipe > >>-Wall -g -O2 -fPIC -DPIC -I/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mpeu > >>-I/usr/src/RPM/BUILD/mct-2.6.0/mct master.F90 > > > >Ну хорошо, mpi_fortran_argv_null_ это common symbol. > >А при чем тут debuginfo-пакеты? Только если > >что-то слишком сильно > >пострипалось из библиотек, которые > >используются в вышеприведенной команде. > > Я не про debuginfo-пакеты, я про сам debuginfo. > Говорю же, если этот master.o собрать без -g, > ошибка исчезает. Вот что с этим делать, > даже не знаю. Можно, наверно, для него > действительно особые флаги завести, чтоб > без -g было, но, поскольку такая ошибка > воспроизводится не только в этом пакете, > даже сложно сообразить, что делать. Раньше неоднократно спрашивали, что может испортиться, если добавить -g в %optflags. Теперь мы видим. ;) Интересно, кто-нибудь еще на планете пакует этот софт? Если да, то как там решают эту проблему? -- ldv [-- Attachment #2: Type: application/pgp-signature, Size: 198 bytes --] ^ permalink raw reply [flat|nested] 10+ messages in thread
* Re: [devel] openmpi & debuginfo 2011-02-11 10:04 ` Dmitry V. Levin @ 2011-02-11 10:20 ` REAL 2011-02-14 9:19 ` REAL 0 siblings, 1 reply; 10+ messages in thread From: REAL @ 2011-02-11 10:20 UTC (permalink / raw) To: ALT Linux Team development discussions 11.02.2011 16:04, Dmitry V. Levin пишет: > Раньше неоднократно спрашивали, что может испортиться, если > добавить -g в %optflags. Теперь мы видим. ;) :-D > Интересно, кто-нибудь еще на планете пакует этот софт? Ну вот libhdf5 используют довольно активно. PETSc тоже довольно авторитетен в определённых кругах. > Если да, то как там решают эту проблему? Насчёт этого даже не знаю. На выходных (а они у меня растянутся на 2 недели ;) ) буду терзать гугл. -- REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ ^ permalink raw reply [flat|nested] 10+ messages in thread
* Re: [devel] openmpi & debuginfo 2011-02-11 10:20 ` REAL @ 2011-02-14 9:19 ` REAL 0 siblings, 0 replies; 10+ messages in thread From: REAL @ 2011-02-14 9:19 UTC (permalink / raw) To: ALT Linux Team development discussions 11.02.2011 16:20, REAL пишет: >> Интересно, кто-нибудь еще на планете пакует этот софт? >> Если да, то как там решают эту проблему? > > Насчёт этого даже не знаю. На выходных (а они у меня растянутся на 2 > недели ;) ) буду терзать гугл. беглая пробежка показала, что проблема в OpenMPI. если в команду линковки добавить -Wl,--no-as-needed -lmpi_f90 -Wl,--as-needed, всё собирается как надо. по словам дебианщиков, в апстрим весточка уже ушла. так что я пока, наверно, не буду такой workaround использовать, но, если с OpenMPI затянется, придётся, однако. -- REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ ^ permalink raw reply [flat|nested] 10+ messages in thread
end of thread, other threads:[~2011-02-14 9:19 UTC | newest] Thread overview: 10+ messages (download: mbox.gz / follow: Atom feed) -- links below jump to the message on this page -- 2011-02-11 5:19 [devel] openmpi & debuginfo REAL 2011-02-11 7:51 ` REAL 2011-02-11 9:35 ` Dmitry V. Levin 2011-02-11 9:45 ` REAL 2011-02-11 9:57 ` REAL 2011-02-11 9:56 ` Dmitry V. Levin 2011-02-11 10:07 ` REAL 2011-02-11 10:04 ` Dmitry V. Levin 2011-02-11 10:20 ` REAL 2011-02-14 9:19 ` REAL
ALT Linux Team development discussions This inbox may be cloned and mirrored by anyone: git clone --mirror http://lore.altlinux.org/devel/0 devel/git/0.git # If you have public-inbox 1.1+ installed, you may # initialize and index your mirror using the following commands: public-inbox-init -V2 devel devel/ http://lore.altlinux.org/devel \ devel@altlinux.org devel@altlinux.ru devel@lists.altlinux.org devel@lists.altlinux.ru devel@linux.iplabs.ru mandrake-russian@linuxteam.iplabs.ru sisyphus@linuxteam.iplabs.ru public-inbox-index devel Example config snippet for mirrors. Newsgroup available over NNTP: nntp://lore.altlinux.org/org.altlinux.lists.devel AGPL code for this site: git clone https://public-inbox.org/public-inbox.git