Вопрос - а можно все-таки сделать единое хранилище для шаблонов модулей
ядра, чтобы не искать их по всему git.alt, и не забывать/не терять их?

Благо есть замечательные опции:

receive.denyDeletes
receive.denyNonFastForwards

которые не позволят этот общий репозиторий случайно сломать.

-- 
С уважением, Денис

http://mithraen.ru/
----------------------------------------------------------------------------