>  gtkglarea2-devel-1.99.0-alt3	Requires	gtkglarea2 = 1.99.0-alt3
> +gtkglarea2-devel-1.99.0-alt3	Requires	libmesa-devel
>  gtkglarea2-devel-1.99.0-alt3	Requires	pkgconfig(gtk+-2.0)

Новая зависимость проставилась правильно:

$ rpmpeek gtkglarea2-devel-1.99.0-alt3.i586.rpm sh -c 'grep ^Libs:.\*-l ./usr/lib/pkgconfig/*.pc'
Libs: -lgtkgl-2.0 -lGLU -lGL
$

Причем, она является действительно новой, а не дублирует какую-то
из прежних pkgconfig(...) зависимостей:

$ rpmpeek gtkglarea2-devel-1.99.0-alt3.i586.rpm sh -c 'grep ^Requires: ./usr/lib/pkgconfig/*.pc'
Requires: gtk+-2.0
$

То есть это можно рассматривать как положительный пример того, для чего
всё это делалось, то есть для чего был реализован поиск зависимостей по
Libs.  А делалось это для замыкания зависимостей *-devel пакетов.
Замыкание означает, что если *-devel пакет поставился, то с
соответствующей библиотекой можно более ГАРАНТИРОВАННО слинковаться
стандартным способом (через *.pc файл).  А гарантии, или constraints,
это наверное как раз то, чего нужно добиваться в нашем скорбном деле
(разработки целостного репозитария пакетов).