>  xml-commons-jaxp-1.1-apis-javadoc-1.3.03-alt0.4_8jpp1.7	Requires	/etc/alternatives/packages.d
> +xml-commons-jaxp-1.1-apis-javadoc-1.3.03-alt0.4_8jpp1.7	Requires	/etc/alternatives/xml-commons-apis-javadoc
>  xml-commons-jaxp-1.1-apis-javadoc-1.3.03-alt0.4_8jpp1.7	Requires(interp)	/bin/sh
> @@ -158507,2 +160108,3 @@
>  xml-commons-jaxp-1.2-apis-javadoc-1.3.03-alt0.4_8jpp1.7	Requires	/etc/alternatives/packages.d
> +xml-commons-jaxp-1.2-apis-javadoc-1.3.03-alt0.4_8jpp1.7	Requires	/etc/alternatives/xml-commons-apis-javadoc
>  xml-commons-jaxp-1.2-apis-javadoc-1.3.03-alt0.4_8jpp1.7	Requires(interp)	/bin/sh
> @@ -158534,2 +160136,3 @@
>  xml-commons-jaxp-1.3-apis-javadoc-1.3.03-alt0.4_8jpp1.7	Requires	/etc/alternatives/packages.d
> +xml-commons-jaxp-1.3-apis-javadoc-1.3.03-alt0.4_8jpp1.7	Requires	/etc/alternatives/xml-commons-apis-javadoc
>  xml-commons-jaxp-1.3-apis-javadoc-1.3.03-alt0.4_8jpp1.7	Requires(interp)	/bin/sh

Здесь что просили, то и получили.

xml-commons-jaxp-1.1-apis-javadoc:
/usr/share/javadoc/xml-commons-apis -> /etc/alternatives/xml-commons-apis-javadoc

xml-commons-jaxp-1.2-apis-javadoc:
/usr/share/javadoc/xml-commons-apis -> /etc/alternatives/xml-commons-apis-javadoc

symlinks.req: /usr/src/tmp/xml-commons-buildroot/usr/share/javadoc/xml-commons-apis: checking contents_index_all for /etc/alternatives/xml-commons-apis-javadoc
symlinks.req: /usr/src/tmp/xml-commons-buildroot/usr/share/javadoc/xml-commons-apis: /etc/alternatives/xml-commons-apis-javadoc -> /etc/alternatives/xml-commons-apis-javadoc (raw, not found)

В spec-файле:
ln -s %{_sysconfdir}/alternatives/%{name}-apis-javadoc $RPM_BUILD_ROOT%{_javadocdir}/%{name}-apis # ghost symlink

Вообще-то не принято делать битые ghost cимлинки.
Как лучше сделать можно обсудить.