В случаях, когда SONAME привязан к версии пакета, какая форма
предпочтительнее: lib%name.so.%version или lib%name-%version.so?

Сколоняюсь использовать в нескольких пакетах вторую форму, т.к.
она соответствует тому, что делает `libtool -release'.  Ещё примеры:
libdb-4.3.so, libgtk-x11-2.0.so.0.

Первая форма обычно не связана с версией.
Примеры: libc.so.6, libpng.so.3.