[Comm] Chem.soft

[Comm] Chem.soft

[Pavel Solntsev]

Всех тех для кого химия - не страшный предмет в школе прошу сюда
http://www.altlinux.org/Chemistry

Re: [Comm] Chem.soft

[Костарев Алексей]

Pavel Solntsev пишет:
> Всех тех для кого химия - не страшный предмет в школе прошу сюда
> http://www.altlinux.org/Chemistry
>   
Спасибо - уже подправил и разместил в новостях 
http://www.pspo.perm.ru/news/ :-)
> _______________________________________________
> community mailing list
> community@lists.altlinux.org
> https://lists.altlinux.org/mailman/listinfo/community


-- 
С Уважением
Директор ООО НЕВОД
Костарев А.Ф.

Re: [Comm] Chem.soft

[REAL]

Pavel Solntsev пишет:
> Всех тех для кого химия - не страшный предмет в школе прошу сюда
> http://www.altlinux.org/Chemistry

Опередили? ;)

Что ж, всё то же самое почти, что я готовил, но более кратко и, что 
самое главное - ВСЁ по-русски.

Правда, про gromacs нет ничего, но это поправимо ;)

-- 

REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ

Re: [Comm] Chem.soft

[Aleksander N. Gorohovski]

On Tue, 10 Feb 2009 10:19:31 +0200, Pavel Solntsev  
<p_solntsev_community@meta.ua> wrote:

> Всех тех для кого химия - не страшный предмет в школе прошу сюда
> http://www.altlinux.org/Chemistry

Что ж, неплохо, неплохо.
:)

И добавлять (yfgjkyznm) от себя можно
?

Re: [Comm] Chem.soft

[Michael Shigorin]

On Tue, Feb 10, 2009 at 03:53:02PM +0700, REAL wrote:
> Правда, про gromacs нет ничего, но это поправимо ;)

Кстати, AutoDock никто не юзает?

Ещё для одной задачи в своё время осматривали CACTVS,
но в итоге там прижился Daylight'овский вариант.

Ну и по вики-страничке прошёлся чуток.

-- 
 ---- WBR, Michael Shigorin <mike@altlinux.ru>
  ------ Linux.Kiev http://www.linux.kiev.ua/

Re: [Comm] Chem.soft

[Michael Shigorin]

On Tue, Feb 10, 2009 at 02:11:34PM +0200, Aleksander N. Gorohovski wrote:
> >http://www.altlinux.org/Chemistry
> И добавлять (yfgjkyznm) от себя можно ?

Lf.

-- 
 ---- WBR, Michael Shigorin <mike@altlinux.ru>
  ------ Linux.Kiev http://www.linux.kiev.ua/

Re: [Comm] Chem.soft [JT]

[Vyatcheslav Perevalov]

On Tuesday 10 February 2009 20:30:00 Michael Shigorin wrote:
> > И добавлять (yfgjkyznm) от себя можно ?
>
> Lf.

Gjujdjhbkb///

-- 
/vip

Re: [Comm] Chem.soft

[Pavel Solntsev]

Aleksander N. Gorohovski пишет:
> И добавлять (yfgjkyznm) от себя можно
> ?
Нет. Думаю добавлять (yfgjkyznm) не стоит. :)

Re: [Comm] Chem.soft

[Aleksander N. Gorohovski]

On Wed, 11 Feb 2009 09:36:25 +0200, Pavel Solntsev wrote:

> Aleksander N. Gorohovski пишет:
>> И добавлять (yfgjkyznm) от себя можно
>> ?
> Нет. Думаю добавлять (yfgjkyznm) не стоит. :)

,,
-- А, если я не согласен?
-- Ми тэбя зарэжим. Шутка
-- Шутка.
``
Барбамбия киркуду.

Re: [Comm] Chem.soft

[Denis G. Samsonenko]

Привет!

10 февраля 2009 г. 14:19 Pavel Solntsev написал:
> Всех тех для кого химия - не страшный предмет в школе прошу сюда
> http://www.altlinux.org/Chemistry

Благодаря этому ресурсу открыл для себя интересную софтинку: Olex2.
Правда собрать под бранч-4.1 мне её не удаётся, приходится в qemu её
пускать в Win2k, т.к. под wine не работает. Попутно багрепорты и
фичреквесты развешиваю на ихнем сайте.

У меня вопрос: не пробовал кто уже собирать его? Может поделитесь spec
файлом, или рассказом, как собрать?

А то чего-то ему не хватает.

-- 
Всего доброго,

Денис.

Re: [Comm] Chem.soft

[REAL]

Denis G. Samsonenko пишет:
> Благодаря этому ресурсу открыл для себя интересную софтинку: Olex2.
[...]
> У меня вопрос: не пробовал кто уже собирать его? Может поделитесь spec
> файлом, или рассказом, как собрать?

Там написано, что planned (вместо wanted), иначе бы уже давно сел 
ковырять. Если пока никто не взялся, могу заняться.

-- 

REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ

Re: [Comm] Chem.soft

[Denis G. Samsonenko]

Привет!

17 февраля 2009 г. 12:14 REAL написал:
>> Благодаря этому ресурсу открыл для себя интересную софтинку: Olex2.
> [...]
>> У меня вопрос: не пробовал кто уже собирать его? Может поделитесь spec
>> файлом, или рассказом, как собрать?
>
> Там написано, что planned (вместо wanted), иначе бы уже давно сел ковырять.
> Если пока никто не взялся, могу заняться.

Попробуйте, если не сложно. Там исходники из svn берутся, т.к.
разработка идёт полным ходом, так что лучше собирать самый свежий
вариант.

Есть какие-то федоровские пакеты, можно попробовать посмотреть, как
там собирают.

-- 
Всего доброго,

Денис.

Re: [Comm] Chem.soft

[REAL]

Denis G. Samsonenko пишет:
> Попробуйте, если не сложно. Там исходники из svn берутся, т.к.
> разработка идёт полным ходом, так что лучше собирать самый свежий
> вариант.

Я заметил, снапшот уже на флэшку записал. Остальное - дома. Сегодня 
вечером посижу, завтра - не могу обещать (ДР ибо), а дальше - в общем, 
отчитаюсь. Посколько те питоньи пакеты (включая тот математический, 
что здесь озвучивали, openopt) у меня пока никуда не едут (не 
питономан потому что, видимо), отложу их в сторонку, по кластерам надо 
кое-какие вопросы ещё выяснить, так что тоже не горит, так что время 
есть пока.

> Есть какие-то федоровские пакеты, можно попробовать посмотреть, как
> там собирают.

Это на крайний случай, предпочитаю собирать самостоятельно, а уже 
когда возникают непонятки (вроде того, какой файл в какой пакет 
пихать), тогда уже смотрю, как в других местах делают.

-- 

REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ

Re: [Comm] Chem.soft

[Denis G. Samsonenko]

Привет!

17 февраля 2009 г. 12:43 REAL написал:
> Я заметил, снапшот уже на флэшку записал. Остальное - дома. Сегодня вечером
> посижу, завтра - не могу обещать (ДР ибо), а дальше - в общем, отчитаюсь.
> Посколько те питоньи пакеты (включая тот математический, что здесь
> озвучивали, openopt) у меня пока никуда не едут (не питономан потому что,
> видимо), отложу их в сторонку, по кластерам надо кое-какие вопросы ещё
> выяснить, так что тоже не горит, так что время есть пока.

Ну, можете сильно не торопиться. Главное чтобы в конце концов всё получилось.

>> Есть какие-то федоровские пакеты, можно попробовать посмотреть, как
>> там собирают.
>
> Это на крайний случай, предпочитаю собирать самостоятельно, а уже когда
> возникают непонятки (вроде того, какой файл в какой пакет пихать), тогда уже
> смотрю, как в других местах делают.

Сборочные скрипты и инструкция как собирать лежат в olex2/trunk/build/linux/.

По хорошему, к нему в пару ещё бы cctbx собрать
(http://cctbx.sourceforge.net/). Часть функционала Olex2 завязано на
этой библиотеке. Мне пока хватает функций Olex2 как оболочки над
SHELX, но посмотреть, что он может делать через cctbx тоже интересно.

-- 
Всего доброго,

Денис.

Re: [Comm] Chem.soft

[Pavel Solntsev]

Denis G. Samsonenko пишет:
> Привет!
>
> 10 февраля 2009 г. 14:19 Pavel Solntsev написал:
>   
>> Всех тех для кого химия - не страшный предмет в школе прошу сюда
>> http://www.altlinux.org/Chemistry
>>     
>
> Благодаря этому ресурсу открыл для себя интересную софтинку: Olex2.
> Правда собрать под бранч-4.1 мне её не удаётся, приходится в qemu её
> пускать в Win2k, т.к. под wine не работает. Попутно багрепорты и
> фичреквесты развешиваю на ихнем сайте.
>   
Тут могу только сказать Good luck! программа еще очень сырая и это может
действительно помочь
Олегу Доломанову ее "добить".
> У меня вопрос: не пробовал кто уже собирать его? Может поделитесь spec
> файлом, или рассказом, как собрать?
>   
Я уже пару дней полным ходом пытаюсь для начала собрать ее на 4.1. Там
очень сильные проблемы
с Makefile'ом, библиотеками pythion2.5, glut, GL и с некоторыми wxGTK.
Код написан очень коряво,
поэтому предлагаю не делать дурную работу, а подождите до 2-ой половины
дня я почти сделал рабочий
makefile и тогда я смогу его вам выложить. А вообще по этому вопросу
прошу в devel@

> А то чего-то ему не хватает.
>
>   

Re: [Comm] Chem.soft

[Pavel Solntsev]

Если есть  желание и возможность, предлагаю распределить сборку пакетов
перечисленных
на http://www.altlinux.org/Chemistry.  Кто-что хочет взять? :)

Re: [Comm] Chem.soft

[Pavel Solntsev]

[-- Attachment #1: Type: text/plain, Size: 997 bytes --]

REAL пишет:
> Denis G. Samsonenko пишет:
>> Попробуйте, если не сложно. Там исходники из svn берутся, т.к.
>> разработка идёт полным ходом, так что лучше собирать самый свежий
>> вариант.
>
> Я заметил, снапшот уже на флэшку записал. Остальное - дома. Сегодня
> вечером посижу, завтра - не могу обещать (ДР ибо), а дальше - в общем,
> отчитаюсь. Посколько те питоньи пакеты (включая тот математический,
> что здесь озвучивали, openopt) у меня пока никуда не едут (не
> питономан потому что, видимо), отложу их в сторонку, по кластерам надо
> кое-какие вопросы ещё выяснить, так что тоже не горит, так что время
> есть пока.
>
>> Есть какие-то федоровские пакеты, можно попробовать посмотреть, как
>> там собирают.
>
> Это на крайний случай, предпочитаю собирать самостоятельно, а уже
> когда возникают непонятки (вроде того, какой файл в какой пакет
> пихать), тогда уже смотрю, как в других местах делают.
>
Взгляните этот makefile. Особенно обратите внимание на ту часть что
касается библиотек.

[-- Attachment #2: Makefile.gz --]
[-- Type: application/gzip, Size: 3318 bytes --]

Re: [Comm] Chem.soft

[Pavel Solntsev]

Pavel Solntsev пишет:
> REAL пишет:
>   
>> Denis G. Samsonenko пишет:
>>     
>>> Попробуйте, если не сложно. Там исходники из svn берутся, т.к.
>>> разработка идёт полным ходом, так что лучше собирать самый свежий
>>> вариант.
>>>       
>> Я заметил, снапшот уже на флэшку записал. Остальное - дома. Сегодня
>> вечером посижу, завтра - не могу обещать (ДР ибо), а дальше - в общем,
>> отчитаюсь. Посколько те питоньи пакеты (включая тот математический,
>> что здесь озвучивали, openopt) у меня пока никуда не едут (не
>> питономан потому что, видимо), отложу их в сторонку, по кластерам надо
>> кое-какие вопросы ещё выяснить, так что тоже не горит, так что время
>> есть пока.
>>
>>     
>>> Есть какие-то федоровские пакеты, можно попробовать посмотреть, как
>>> там собирают.
>>>       
>> Это на крайний случай, предпочитаю собирать самостоятельно, а уже
>> когда возникают непонятки (вроде того, какой файл в какой пакет
>> пихать), тогда уже смотрю, как в других местах делают.
>>
>>     
> Взгляните этот makefile. Особенно обратите внимание на ту часть что
> касается библиотек.
>   
Да совсем забыл. Программа собирается! сборка проводилась основываясь на
src.rpm от федоры.

Re: [Comm] Chem.soft

[REAL]

Denis G. Samsonenko пишет:
> Сборочные скрипты и инструкция как собирать лежат в olex2/trunk/build/linux/.

Учту, благодарю.

> По хорошему, к нему в пару ещё бы cctbx собрать
> (http://cctbx.sourceforge.net/). Часть функционала Olex2 завязано на
> этой библиотеке. Мне пока хватает функций Olex2 как оболочки над
> SHELX, но посмотреть, что он может делать через cctbx тоже интересно.

Там вообще ссылки на кучу всего занимательного выводят. Похоже, вот и 
ещё одно направление (помимо кластерного) наклюнулось из ряда "куча 
всего из разных мест, но сильно взаимосвязанное". Это интересно, не 
то, что просто какое-то отдельное приложение собрать ;)

-- 

REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ

Re: [Comm] Chem.soft

[REAL]

Pavel Solntsev пишет:
> Я уже пару дней полным ходом пытаюсь для начала собрать ее на 4.1. Там
> очень сильные проблемы
> с Makefile'ом, библиотеками pythion2.5, glut, GL и с некоторыми wxGTK.

А, ну я тогда дальше по связям жатву собирать пойду :-D

cctbx, objcryst, ccp, cbf... Я скоро путаться начну в этих 
аббревиатурах, если сюда ещё с netlib.org в кучу намешать ;)

-- 

REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ

Re: [Comm] Chem.soft

[REAL]

Pavel Solntsev пишет:
> Взгляните этот makefile. Особенно обратите внимание на ту часть что
> касается библиотек.

Дома обязательно.

Ну что, здесь останемся или всё же в devel@ переедем? Не выгонят нас 
оттуда? ;)

-- 

REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ

Re: [Comm] Chem.soft

[REAL]

Pavel Solntsev пишет:
> Если есть  желание и возможность, предлагаю распределить сборку пакетов
> перечисленных
> на http://www.altlinux.org/Chemistry.  Кто-что хочет взять? :)

Я пока уже в предыдущих письмах примерно обозначился, ну ещё надо 
дождаться, когда товарищи, вызывавшиеся потестировать gromacs, 
чем-нибудь вредным порадуют :)

По химии больше пока не потяну (у меня и так тут временно повисли 
несколько пакетов, убивает меня питон, ей-Богу). К тому же мне 
математика ближе (особенно фортранокластерная), а ещё ближе - 
управление разработкой систем (IDEF, UML), а я за это последнее даже 
пока ещё не брался всеми силами (не до того пока), только пару 
проектов успел в утиль отправить из-за жуткой корявости апстримов 
(один на tcl был, что печально, такой хороший язык так мерзко 
уродовать)...

-- 

REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ

Re: [Comm] Chem.soft

[Pavel Solntsev]

REAL пишет:
> Pavel Solntsev пишет:
>> Я уже пару дней полным ходом пытаюсь для начала собрать ее на 4.1. Там
>> очень сильные проблемы
>> с Makefile'ом, библиотеками pythion2.5, glut, GL и с некоторыми wxGTK.
>
> А, ну я тогда дальше по связям жатву собирать пойду :-D
>
> cctbx, objcryst, ccp, cbf... Я скоро путаться начну в этих
> аббревиатурах, если сюда ещё с netlib.org в кучу намешать ;)
>
Если я вас правильно понял, сборка cctbx лежит на вас?
Коль такая ситуация, будем сидеть  здесь, пока нас не выгонят :)

Re: [Comm] Chem.soft

[REAL]

Pavel Solntsev пишет:
> Если я вас правильно понял, сборка cctbx лежит на вас?

Да, оно вообще интересно даже с первого взгляда. Так что беру.

> Коль такая ситуация, будем сидеть  здесь, пока нас не выгонят :)

Ок.

-- 

REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ

Re: [Comm] Chem.soft

[Denis G. Samsonenko]

Привет!

17 февраля 2009 г. 14:28 Pavel Solntsev написал:
> Взгляните этот makefile. Особенно обратите внимание на ту часть что
> касается библиотек.

Скажите, куда этот makefile надо положить, в .../olex2/trunk или
просто в .../olex2?

И ещё, какие там конкретно девел-пакеты надо поставить, чтобы
нормально собралось в бранч-4.1?

-- 
Всего доброго,

Денис.

Re: [Comm] Chem.soft

[Pavel Solntsev]

[-- Attachment #1: Type: text/plain, Size: 836 bytes --]

Denis G. Samsonenko пишет:
> Привет!
>
> 17 февраля 2009 г. 14:28 Pavel Solntsev написал:
>   
>> Взгляните этот makefile. Особенно обратите внимание на ту часть что
>> касается библиотек.
>>     
>
> Скажите, куда этот makefile надо положить, в .../olex2/trunk или
> просто в .../olex2?
>   
Я работал с  src.rpm пакетом от федоры. Makefile надо положить в рабочую
папку (например ~/olex2) где находятся все папки с исходниками. 
Собирать лучше make 2>log. Очень много предупреждений. Да, запуск
напрямую ./olex2 прведет к аварийному останову. Надо запускать через
скрипт (см. атач)
>  
> И ещё, какие там конкретно девел-пакеты надо поставить, чтобы
> нормально собралось в бранч-4.1?
>
>   
Ууууух. Точно знаю что python-dev, wxGTK-devel, библиотеки -lGL, -lglut
Просмотрите Makefile для получения полного списка (проанализируйте).


[-- Attachment #2: olex2.sh --]
[-- Type: text/plain, Size: 2876 bytes --]

#!/bin/sh
# You may change these default locations for your system by editing this file
# as root/sudo

# Location where you want olex2 to live per user
OLEX2_DEFAULT_DIR=$HOME/olex2

# Location where you installed CCTBX
OLEX2_CCTBX_DEFAULT_DIR=/usr/local/cctbx

# Location where the CCTBX library is kept
CCTBX_LIBRARY_PATH=/usr/local/cctbx/cctbx_build/lib

# Location where the CCTBX binary directory is kept
CCTBX_BIN_PATH=/usr/local/cctbx/cctbx_build/bin

# You shouldn't need to edit again below here.
# --------------------------------------------------------------------------- #
# SETUP CCTBX SETTINGS
# N.B. from cctbx_build/dispatcher_head.sh
if [ -n "$LD_LIBRARY_PATH" ]; then
	export LD_LIBRARY_PATH="$CCTBX_LIBRARY_PATH:$LD_LIBRARY_PATH"
else
	export LD_LIBRARY_PATH=$CCTBX_LIBRARY_PATH
fi
if [ -n "$PATH" ]; then
	PATH="$CCTBX_BIN_PATH:$PATH"
	export PATH
else
	PATH="$CCTBX_BIN_PATH"
	export PATH
fi

# --------------------------------------------------------------------------- #
# SETUP OLEX2 SETTINGS
# Set olex home directory - assuming user $home
if [ -n "$OLEX2_DIR" ]; then
        echo "OLEX2_DIR already defined:" $OLEX2_DIR
else
# Assuming defualt setup and setting to user home directory
	export OLEX2_DIR=$OLEX2_DEFAULT_DIR
        echo "Using defaults, Setting OLEX2_DIR:" $OLEX2_DIR
fi

if [ -n "$PATH" ]; then
	export PATH="$PATH:$OLEX2_DIR"
else
	export PATH="$OLEX2_DIR"
fi

# Move local usettings.dat
if test -d "$OLEX2_DIR"; then
	echo "$OLEX2_DIR olex2 home present"
else
	echo "No olex2 dir, creating here: $OLEX2_DIR"
	mkdir $OLEX2_DIR
	cp -ru /usr/share/olex2/* $OLEX2_DIR
fi
if test -a "$OLEX2_DIR/usettings.dat"; then
	echo "$OLEX2_DIR/usettings.dat present"
else
	echo "Moving default usettings.dat to: $OLEX2_DIR"
        cp /usr/share/olex2/usettings.dat $OLEX2_DIR
fi

# This defines the location of cctbx -again needs some automation to allow setting from env
if [ -n "$OLEX2_CCTBX_DIR" ]; then
        echo "OLEX2_CCTBX_DIR already defined:" $OLEX2_CCTBX_DIR
else
# Assuming setup using /usr/local
# Note this should be replaced with a locate possibly soon
	export OLEX2_CCTBX_DIR=$OLEX2_CCTBX_DEFAULT_DIR
fi

# Actually get around to running something!
# Unirun checks that the GUI files are up2date with the usettings.dat defined
# server and the local install directory defined as OLEX2_DIR
if `zenity --window-icon=/usr/share/icons/olex2.xpm --question --title  "Downloading Files" --text='Do You want Olex2 to check for GUI Updates?'`; then
	echo "Checking for updates"
	/usr/libexec/olex2/unirun $OLEX2_DIR | zenity --width 620 --window-icon=/usr/share/icons/olex2.xpm --text-info --title='Downloading Files - Hit Close When FINISHED Appears'
else
	echo "Updates skipped on user request"
# Now we've checked all is up2date and informed the user that we did we can
# can now actually run olex2
fi
/usr/libexec/olex2/olex2 &

Re: [Comm] Chem.soft

[Pavel Solntsev]

REAL пишет:
> Привет!
>
> cctbx собирается успешно, но для начала надо опакетить ccp4, чтобы
> сборка была совсем уж полноценной.
>
> Кстати, там с некоторыми компонентами ccp4 есть у меня непонятки в
> плане возможности включить их в сборку. Я пока выброшу всё, что не
> [L]GPL, но если вдруг кто посмотрит, что там ещё есть возможность
> оставить, буду рад содействию (подчёркиваю, не помощи в сборке прошу,
> а просто замечаний по поводу того, что я могу законно затолкать в
> Сизиф). Чтобы зря legal@ не тревожить.
Посмотрим.
>
> http://www.ccp4.ac.uk/
>

Re: [Comm] Chem.soft

[REAL]

Привет!

cctbx собирается успешно, но для начала надо опакетить ccp4, чтобы 
сборка была совсем уж полноценной.

Кстати, там с некоторыми компонентами ccp4 есть у меня непонятки в 
плане возможности включить их в сборку. Я пока выброшу всё, что не 
[L]GPL, но если вдруг кто посмотрит, что там ещё есть возможность 
оставить, буду рад содействию (подчёркиваю, не помощи в сборке прошу, 
а просто замечаний по поводу того, что я могу законно затолкать в 
Сизиф). Чтобы зря legal@ не тревожить.

http://www.ccp4.ac.uk/

-- 

REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ

Re: [Comm] Chem.soft

[Pavel Solntsev]

REAL пишет:
> Привет!
>
> cctbx собирается успешно, но для начала надо опакетить ccp4, чтобы
> сборка была совсем уж полноценной.
>
> Кстати, там с некоторыми компонентами ccp4 есть у меня непонятки в
> плане возможности включить их в сборку. Я пока выброшу всё, что не
> [L]GPL, но если вдруг кто посмотрит, что там ещё есть возможность
> оставить, буду рад содействию (подчёркиваю, не помощи в сборке прошу,
> а просто замечаний по поводу того, что я могу законно затолкать в
> Сизиф). Чтобы зря legal@ не тревожить.
>
> http://www.ccp4.ac.uk/
>
Да, кстати. Сделайте соответствующую запись на вике. Что планируете, что
сделано(gromacs) :)

Re: [Comm] Chem.soft

[REAL]

Pavel Solntsev пишет:
> Да, кстати. Сделайте соответствующую запись на вике. Что планируете, что
> сделано(gromacs) :)

Хорошо, сделаю, но, видимо, уже не сегодня. Насчёт планирования - тут 
сложно сказать (там очередь большая, но вряд ли всё удастся, если 
опять какой питон выпендриваться начнёт; с другими-то пока не было 
проблем), но попробую...

-- 

REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ

Re: [Comm] Chem.soft

[Pavel Solntsev]

REAL пишет:
> Pavel Solntsev пишет:
>> Да, кстати. Сделайте соответствующую запись на вике. Что планируете, что
>> сделано(gromacs) :)
>
> Хорошо, сделаю, но, видимо, уже не сегодня. Насчёт планирования - тут
> сложно сказать (там очередь большая, но вряд ли всё удастся, если
> опять какой питон выпендриваться начнёт; с другими-то пока не было
> проблем), но попробую...
>
сделайте запись, что в принципе хотелось бы упаковать. Это совсем не
означает что это самое должны делать именно вы.

Re: [Comm] Chem.soft

[Pavel Solntsev]

REAL пишет:
> Привет!
>
> cctbx собирается успешно, но для начала надо опакетить ccp4, чтобы
> сборка была совсем уж полноценной.
>
> Кстати, там с некоторыми компонентами ccp4 есть у меня непонятки в
> плане возможности включить их в сборку. Я пока выброшу всё, что не
> [L]GPL, но если вдруг кто посмотрит, что там ещё есть возможность
> оставить, буду рад содействию (подчёркиваю, не помощи в сборке прошу,
> а просто замечаний по поводу того, что я могу законно затолкать в
> Сизиф). Чтобы зря legal@ не тревожить.
>
> http://www.ccp4.ac.uk/
>
На счет лицензий посмотрите
http://www.ccp4.ac.uk/licensing/GPL_and_LGPL_software.html и
http://www.ccp4.ac.uk/ccp4license.php

Re: [Comm] Chem.soft

[REAL]

Pavel Solntsev пишет:
> http://www.ccp4.ac.uk/licensing/GPL_and_LGPL_software.html и

Я это и смотрел, когда делал первичный набор %files

> http://www.ccp4.ac.uk/ccp4license.php

А в это с наскока не вник, у меня со всем, относящимся к лицензионным 
делам, голова совершенно не варит :( , поэтому нужно вычитывать каждое 
предложение (ещё и на английском), просто думал, вдруг у кого лучше 
такое получается, а я бы пока занимался делами, которые я умею 
готовить, но раз так, то ладно, сам вычитаю...

-- 

REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ

Re: [Comm] Chem.soft

[Andrey Rahmatullin]

[-- Attachment #1: Type: text/plain, Size: 534 bytes --]

On Thu, Feb 19, 2009 at 03:13:49PM +0700, REAL wrote:
> > http://www.ccp4.ac.uk/ccp4license.php
The suite is available without cost to academic and non-profit
institutions who will not be using the CCP4 package for commercial
activities
В сизиф это нельзя, кажется.

-- 
WBR, wRAR (ALT Linux Team)
Powered by the ALT Linux fortune(8):

> обновлялся в выходные и вот не работает galeon
[...] rpm -q mozilla - вот ответ на Ваш вопрос.
Девиз опенсорс: "Напиши однажды, перекомпилируй через день"
		-- morozov in sisyphus@

[-- Attachment #2: Digital signature --]
[-- Type: application/pgp-signature, Size: 197 bytes --]

Re: [Comm] Chem.soft

[Anton Farygin]

Andrey Rahmatullin пишет:
> On Thu, Feb 19, 2009 at 03:13:49PM +0700, REAL wrote:
>>> http://www.ccp4.ac.uk/ccp4license.php
> The suite is available without cost to academic and non-profit
> institutions who will not be using the CCP4 package for commercial
> activities
> В сизиф это нельзя, кажется.

Если сизиф попадает под академию или институт, то можно ;)

Re: [Comm] Chem.soft

[REAL]

Pavel Solntsev пишет:
> Да, кстати. Сделайте соответствующую запись на вике. Что планируете, что
> сделано(gromacs) :)

gromacs добавил, а химический кусок из плана (не считая ChemIO) 
засунул в обсуждения.

-- 

REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ

Re: [Comm] Chem.soft

[REAL]

Привет!

В girar-builder ушёл blt (tcl-либа), но застряла пока, так что не 
знаю, когда соберётся.

Как раз следом за ним пойдёт и ccp4, но я его ещё придумаю, как 
обозвать (да ещё и с GUI там немного пошаманить надо). Что-то типа 
gnuccp4, ибо всё НЕ gnu оттуда повыкидывал. Там много вообще возни 
оказалось, ибо файлы с сырцами пришлось тягать из разных мест. Ну и на 
закуску уже следом и cctbx, ради которого всё и затевалось.

Думаю, к понедельнику-вторнику уже будет.

-- 

REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ

Re: [Comm] Chem.soft

[Pavel Solntsev]

REAL пишет:
> Привет!
>
> В girar-builder ушёл blt (tcl-либа), но застряла пока, так что не
> знаю, когда соберётся.
>
> Как раз следом за ним пойдёт и ccp4, но я его ещё придумаю, как
> обозвать (да ещё и с GUI там немного пошаманить надо). Что-то типа
> gnuccp4, ибо всё НЕ gnu оттуда повыкидывал. Там много вообще возни
> оказалось, ибо файлы с сырцами пришлось тягать из разных мест. Ну и на
> закуску уже следом и cctbx, ради которого всё и затевалось.
>
> Думаю, к понедельнику-вторнику уже будет.
Это замечательно. Да, и не забудьте про документацию (man's and other)

Re: [Comm] Chem.soft

[Michael Shigorin]

On Thu, Feb 19, 2009 at 09:46:33PM +0500, Andrey Rahmatullin wrote:
> > > http://www.ccp4.ac.uk/ccp4license.php
> The suite is available without cost to academic and non-profit
> institutions who will not be using the CCP4 package for
> commercial activities
> В сизиф это нельзя, кажется.

"В сизиф" зависит скорее от политики redistribution,
чем даже availability.  Гругря, "можно ли это раздавать".

-- 
 ---- WBR, Michael Shigorin <mike@altlinux.ru>
  ------ Linux.Kiev http://www.linux.kiev.ua/

Re: [Comm] Chem.soft

[REAL]

Michael Shigorin пишет:
> "В сизиф" зависит скорее от политики redistribution,
> чем даже availability.  Гругря, "можно ли это раздавать".

Так в том-то и дело, что это всё как-то непрозрачно, исходя из 
лицензии. Ведь дистрибутивы ALT могут и для коммерческой деятельности 
использоваться, а вот ccp4 в целом это запрещает. Т.е. даже это уже 
говорит о том, что нужно ограничиться только теми компонентами, что GNU.

PS. Впрочем, мне пришёл от них ответ, там ничего нового не сказали, 
пара слов и ссылка, как раз на список GNU компонентов ;) . Так что 
ничего не изменится, двигаемся дальше, как и начинали.

-- 

REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ

Re: [Comm] Chem.soft

[Pavel Solntsev]

На всякий случай даю ссылку, взгляните
http://blog.debroglie.net/

Re: [Comm] Chem.soft

[REAL]

Привет!

Pavel Solntsev пишет:
> На всякий случай даю ссылку, взгляните
> http://blog.debroglie.net/

Newmat упоминается (как зависимость для Fox, который я планировал), 
его ведь тоже в сизифе ещё нет? Матрицы - это хорошо, надо будет 
посмотреть поплотнее.

PS. Рабочая неделя заканчивается, надеюсь, хоть в эти выходные на 
серверах altlinux не будет никаких ЧП, и я наконец-то добью cctbx.

PPS. Кстати, ccp4 новая версия появилась, правда, не смотрел ещё, 
обновилось ли там что-то из gnu-компонент. А вот cctbx phaser пришлось 
забыть, неожиданно (для меня) оказалось, что оно вовсе не free soft :(

-- 

REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ

Re: [Comm] Chem.soft

[Pavel Solntsev]

В связи с увеличением объема работы и малой эффективностью ее выполнения
вынужден
уменьшить темпы по сборке ChemSoft'a . С вашего позволения оставляю за
собой сборку Olex2
и все. Все пакеты, которые есть на http://blog.debroglie.net/ следует
проверить на лицензии
и залить по возможности в сизиф. Если есть желающие поучаствовать в этом
- Wellcom. Всем удачи.


P.S. При возникновении вопросов пишите. Если что - я на подхвате.

Re: [Comm] Chem.soft

[REAL]

Привет!

Товарищи сообщили об успешном тестировании GROMACS. Таким образом, я 
на днях включу в нём GSL (он был выключен, потому что на бранче 4.0 
его нет, а именно там был развёрнут кластер, на котором проводили 
тестирование) и выложу в Сизиф и бранч 5.0.

В более старые бранчи - только конкретно если будет у кого желание.

-- 

REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ

Re: [Comm] Chem.soft

[REAL]

REAL пишет:
> Товарищи сообщили об успешном тестировании GROMACS. Таким образом, я на 
> днях включу в нём GSL (он был выключен, потому что на бранче 4.0 его 
> нет, а именно там был развёрнут кластер, на котором проводили 
> тестирование) и выложу в Сизиф и бранч 5.0.
> 
> В более старые бранчи - только конкретно если будет у кого желание.

Забыл добавить: если удастся, вместо mvapich2 будет использоваться 
OpenMPI.

-- 

REAL aka Евгений Ростовцев, программист ЦНИТ КемГУ