From mboxrd@z Thu Jan 1 00:00:00 1970 Return-Path: X-Virus-Scanned: ScanPE,ScanELF,ScanOLE2,ScanMail,PhishingSignatures,ScanHTML X-Virus-Scanned: amavisd-new at telenet.dn.ua Date: Thu, 26 Apr 2007 21:54:48 +0400 To: "ALT Linux Community" From: "Aleksander N.Gorohovski" Organization: DonNTU Content-Type: text/plain; format=flowed; delsp=yes; charset=koi8-r MIME-Version: 1.0 References: <20070421160100.GA27825@osdn.org.ua> <957265820704250839i3314291dkbb18e85cff0176e7@mail.gmail.com> <957265820704251926v70eee052i68e054a45f0c0280@mail.gmail.com> <957265820704261039u132c61f3l416f4c7f32cdad44@mail.gmail.com> Content-Transfer-Encoding: 8bit Message-ID: In-Reply-To: <957265820704261039u132c61f3l416f4c7f32cdad44@mail.gmail.com> User-Agent: Opera Mail/9.20 (Linux) X-Agent: mailfromd (3.1.91) X-Virus-Status: NO X-Spamd-Status: NO X-Spamd-Score: -4.300 of 4.500 X-Spamd-Keywords: ALL_TRUSTED,AWL,BAYES_00 Subject: Re: [Comm] =?koi8-r?b?yMnNyd7F08vVwCDSydPP18HMy9Ugy9TPINPQ0sHbydfB?= =?koi8-r?b?zD8=?= X-BeenThere: community@lists.altlinux.org X-Mailman-Version: 2.1.9rc1 Precedence: list Reply-To: ALT Linux Community List-Id: ALT Linux Community List-Unsubscribe: , List-Archive: List-Post: List-Help: List-Subscribe: , X-List-Received-Date: Thu, 26 Apr 2007 18:44:26 -0000 Archived-At: List-Archive: List-Post: Sorry, заканчиваю (если можно в "личку") On Thu, 26 Apr 2007 21:39:37 +0400, Denis G. Samsonenko wrote: > Вечер добрый! > > 27.04.07, Aleksander N.Gorohovski написал: >> >> А если сделать ps -> jpeg >> >> ? >> > Структурную формулу растром? И что потом будет при масштабировании? >> >> А разве jpeg (или png) это растр? > > А что же это? Уж во всяком случае не вектор. > >> > Вот хотя бы аналог вот такой виндовой проги был бы: >> > http://www.toycrate.org/bs/index.html, хотя мне и она кажется не очень >> > удобной. >> >> Хорошо, я так понимаю Вы -- структурщик? > > Скажем так: я химик, который в состоянии самостоятельно проводить > рентгеноструктурный анализ, начиная от установки кристалла на > дифрактометр и заканчивая решеием и уточнением собственно > кристаллической структуры. Мне, тоже по мере надобности приходится снимать дифрактограммы (ДРОН УМ1), но пока лишь для фазового анализа (написал программу расшифровки и собрал ручками БД на основе ASTM, около 6500 фаз). >> Тогда, может -- HyperChem? > > "HyperChem - комплексный программный продукт, предназначенный для > задач молекулярного моделирования. Он включает в себя программы, > реализующие методы молекулярной механики, квантовой химии и > молекулярной динамики." > > Это несколько не то. Это для моделирования, а я занимаюсь определением > структуры по дифракционным данным. > >> > ... Программа которая >> > считает у меня есть, и она работает как под виндой, так и под линухом >> > (ею считают наверно 90% всех структурщиков). А вот простого и >> >> Если не секрет, а что это за программа? > > Та, что считает -- пакет SHELX-97. http://shelx.uni-ac.gwdg.de/SHELX/ А под ALT Linux у Вас получилось её собрать? Насколько я знаю в основном её пользуют под DOS (возможно я ошибаюсь) к моему большому сожалению не нашлось рядом добрых людей показать как с ней работают. >> Больно уж интересно попробовать, >> ну хотя бы можно построить решетки оксидых соединений >> щелочных-щелочноземельных: >> Na2O2 .. , CaO2 ... >> а лучше алюминатов, силикатов можно? > > Не совсем понял. Надо нарисовать структуры соединений с известной > структурой, или что? Берётся соответствующий cif-файл из банка ну, хотя бы так. > структурных данных (или ещё откуда) и рисуется в соответствующей банк данных? Не подскажите где его обычно можно найти > программе. Комерческих визуализаторов полно. Нет хорошего свободного > аналога. > > Из бесплатно доступных (с ограниченной функциональностью) могу > порекомендовать Mercury: > http://www.ccdc.cam.ac.uk/free_services/mercury/. А в ней есть этот самый банк данных cif-файлов >> > функционального визуализатора нет. Под винду наиболее удобна XP из >> > пакета SHELXTL (т.к. она специально для этого создана в пару к проге, >> > что считает), но она только под винду и только платно. >> >> А для расчёта, наверное, нужны данные дифрактограмм >> (рентгенофазового-структурного анализа)? > > Конечно. Данные с дифрактометра. > >> Я тоже заканчивал химфак. >> Если бы хотя бы пример какой простенький (что б зацепиться) или >> может подскажите доступную для восприятьия литературу, >> можно попробовать (языки и математика в общем то не пугает) > > Пример чего надобен? Наверное я неправильно сформулировал мысль из-за того, что не приходилось работать с той же SHELX-97 и плохо представил, что и в каком виде обычно задают для расчёта структур. Рефлексы? Элементный состав кристалла? >> > А основная трудность на мой взгляд -- это построение координационного >> > окружения конкретного атома, а также построение молекулы (или части её >> > в случае полимера). Трудность в том, что на входе у нас есть позиции >> > атомов независимой части и симметрия. недостающие атомы получаются из >> > независимых путём применения операторов симметрии. И заранее не >> > известно, какой оператор надо применить и к какому атому. При этом >> > симметрия пространственная, а не точечная, т.е. присутствуют не только >> > отражения, вращения, инверсия, но и трансляции. >> >> Не могли бы бросить примерчик из собственной жизни >> :) > > Опять же пример чего? > > По поводу литературы. Вот тут есть кое что в электронном виде: > > http://www.iucr.org/iucr-top/comm/cteach/pamphlets.html > А так, возьмите любую книгу по кристаллографии. На русском языке новых > книг нет, только 60-х -- 70-х годов. На английском есть неплохие Удивительно, что никто даже не перевёл. Мне кажется это очень интересно. > книжки от международного союза кристаллографов (www.iucr.ogr), я тут > купил себе парочку. Через интернет? > Чувствую, что пора перебираться с этим обсуждением из этого списка > рассылки куда-нибудь, а то это всё оффтопик конкретный. Да, согласен. Премного благодарен, Извините, что утомил Вас и остальных (кто не спит) наивными вопросами.