Re: [Comm] химическую рисовалку кто спрашивал?

["Aleksander N.Gorohovski" <angel@feht.dgtu.donetsk.ua>]

Sorry,
заканчиваю (если можно в "личку")

On Thu, 26 Apr 2007 21:39:37 +0400, Denis G. Samsonenko wrote:

> Вечер добрый!
>
> 27.04.07, Aleksander N.Gorohovski написал:
>> >> А если сделать ps -> jpeg
>> >> ?
>> > Структурную формулу растром? И что потом будет при масштабировании?
>>
>> А разве jpeg (или png) это растр?
>
> А что же это? Уж во всяком случае не вектор.
>
>> > Вот хотя бы аналог вот такой виндовой проги был бы:
>> > http://www.toycrate.org/bs/index.html, хотя мне и она кажется не очень
>> > удобной.
>>
>> Хорошо, я так понимаю Вы -- структурщик?
>
> Скажем так: я химик, который в состоянии самостоятельно проводить
> рентгеноструктурный анализ, начиная от установки кристалла на
> дифрактометр и заканчивая решеием и уточнением собственно
> кристаллической структуры.

Мне, тоже по мере надобности приходится снимать дифрактограммы (ДРОН УМ1),
но пока лишь для фазового анализа
(написал программу расшифровки и собрал ручками БД на основе ASTM, около  
6500 фаз).

>> Тогда, может -- HyperChem?
>
> "HyperChem - комплексный программный продукт, предназначенный для
> задач молекулярного моделирования. Он включает в себя программы,
> реализующие методы молекулярной механики, квантовой химии и
> молекулярной динамики."
>
> Это несколько не то. Это для моделирования, а я занимаюсь определением
> структуры по дифракционным данным.
>
>> > ... Программа которая
>> > считает у меня есть, и она работает как под виндой, так и под линухом
>> > (ею считают наверно 90% всех структурщиков). А вот простого и
>>
>> Если не секрет, а что это за программа?
>
> Та, что считает -- пакет SHELX-97. http://shelx.uni-ac.gwdg.de/SHELX/

А под ALT Linux у Вас получилось её собрать?
Насколько я знаю в основном её пользуют под DOS (возможно я ошибаюсь)
к моему большому сожалению не нашлось рядом добрых людей показать как
с ней работают.

>> Больно уж интересно попробовать,
>> ну хотя бы можно построить решетки оксидых соединений
>> щелочных-щелочноземельных:
>>   Na2O2 .. , CaO2 ...
>> а лучше алюминатов, силикатов можно?
>
> Не совсем понял. Надо нарисовать структуры соединений с известной
> структурой, или что? Берётся соответствующий cif-файл из банка
ну, хотя бы так.

> структурных данных (или ещё откуда) и рисуется в соответствующей

банк данных? Не подскажите где его обычно можно найти

> программе. Комерческих визуализаторов полно. Нет хорошего свободного
> аналога.
>
> Из бесплатно доступных (с ограниченной функциональностью) могу
> порекомендовать Mercury:
> http://www.ccdc.cam.ac.uk/free_services/mercury/.

А в ней есть этот самый банк данных cif-файлов

>> > функционального визуализатора нет. Под винду наиболее удобна XP из
>> > пакета SHELXTL (т.к. она специально для этого создана в пару к проге,
>> > что считает), но она только под винду и только платно.
>>
>> А для расчёта, наверное, нужны данные дифрактограмм
>> (рентгенофазового-структурного анализа)?
>
> Конечно. Данные с дифрактометра.
>
>> Я тоже заканчивал химфак.
>> Если бы хотя бы пример какой простенький (что б зацепиться) или
>> может подскажите доступную для восприятьия литературу,
>> можно попробовать (языки и математика в общем то не пугает)
>
> Пример чего надобен?
Наверное я неправильно сформулировал мысль из-за того, что не приходилось
работать с той же SHELX-97 и плохо представил, что и в каком виде обычно  
задают
для расчёта структур. Рефлексы? Элементный состав кристалла?


>> > А основная трудность на мой взгляд -- это построение координационного
>> > окружения конкретного атома, а также построение молекулы (или части её
>> > в случае полимера). Трудность в том, что на входе у нас есть позиции
>> > атомов независимой части и симметрия. недостающие атомы получаются из
>> > независимых путём применения операторов симметрии. И заранее не
>> > известно, какой оператор надо применить и к какому атому. При этом
>> > симметрия пространственная, а не точечная, т.е. присутствуют не только
>> > отражения, вращения, инверсия, но и трансляции.
>>
>> Не могли бы бросить примерчик из собственной жизни
>> :)
>
> Опять же пример чего?
>
> По поводу литературы. Вот тут есть кое что в электронном виде:
>
> http://www.iucr.org/iucr-top/comm/cteach/pamphlets.html

> А так, возьмите любую книгу по кристаллографии. На русском языке новых
> книг нет, только 60-х -- 70-х годов. На английском есть неплохие
Удивительно, что никто даже не перевёл. Мне кажется это очень интересно.

> книжки от международного союза кристаллографов (www.iucr.ogr), я тут
> купил себе парочку.

Через интернет?

> Чувствую, что пора перебираться с этим обсуждением из этого списка
> рассылки куда-нибудь, а то это всё оффтопик конкретный.
Да, согласен.

Премного благодарен,
Извините, что утомил Вас и остальных (кто не спит) наивными вопросами.