From mboxrd@z Thu Jan 1 00:00:00 1970 Return-Path: X-Virus-Scanned: ScanPE,ScanELF,ScanOLE2,ScanMail,PhishingSignatures,ScanHTML X-Virus-Scanned: amavisd-new at telenet.dn.ua Date: Thu, 26 Apr 2007 19:53:19 +0400 To: "ALT Linux Community" From: "Aleksander N.Gorohovski" Organization: DonNTU Content-Type: text/plain; format=flowed; delsp=yes; charset=koi8-r MIME-Version: 1.0 References: <20070421160100.GA27825@osdn.org.ua> <957265820704250839i3314291dkbb18e85cff0176e7@mail.gmail.com> <957265820704251926v70eee052i68e054a45f0c0280@mail.gmail.com> Content-Transfer-Encoding: 8bit Message-ID: In-Reply-To: <957265820704251926v70eee052i68e054a45f0c0280@mail.gmail.com> User-Agent: Opera Mail/9.20 (Linux) X-Agent: mailfromd (3.1.91) X-Virus-Status: NO X-Spamd-Status: NO X-Spamd-Score: -4.300 of 4.500 X-Spamd-Keywords: ALL_TRUSTED,AWL,BAYES_00 Subject: Re: [Comm] =?koi8-r?b?yMnNyd7F08vVwCDSydPP18HMy9Ugy9TPINPQ0sHbydfB?= =?koi8-r?b?zD8=?= X-BeenThere: community@lists.altlinux.org X-Mailman-Version: 2.1.9rc1 Precedence: list Reply-To: ALT Linux Community List-Id: ALT Linux Community List-Unsubscribe: , List-Archive: List-Post: List-Help: List-Subscribe: , X-List-Received-Date: Thu, 26 Apr 2007 16:42:50 -0000 Archived-At: List-Archive: List-Post: On Thu, 26 Apr 2007 06:26:09 +0400, Denis G. Samsonenko wrote: > День добрый! > >> > Рисовалок структурных формул полно, вот только если бы результаты этих >> > рисований можно было бы вставить в тот же ОО и сохранить формате, >> > понимаемом микросовтовским офисом. А то с постскриптом далеко не >> > уедешь. >> >> А если сделать ps -> jpeg >> ? > > Структурную формулу растром? И что потом будет при масштабировании? А разве jpeg (или png) это растр? > Проблема в том, что нет единого варианта векторного формата, > понимаемого как по виндой, так и под линухом. ОО понимает wmf/emf, но > кривовато, да и ни одна прога под линух его не может генерить. А > микросовтовский офис не понимает eps и прочее подобное. > >> Не всякую формулу можно быстро и "красиво" нарисовать >> :) > > Не всякую, но мне редко приходится подобные формулы рисовать, я > неорнаник. Приятно удивлен, но и я тоже. :) >> > А вот полноценного и удобного визуализатора кристаллических структур я >> В ChemAxon есть визуализация 3D >> (правда это не совсем кристаллическая структура) > > Дело не только нарисовать картинку. Чтобы её нарисовать нормально, > надо, чтобы рисовалка понимала стандартные входные форматы файла, > такие как cif, понимала симметрию и кристаллографичесикую систему > координат (не всегда ортогональна), позволяла манипулировать > структурой, как то: добавлять и убирать атомы, достраивать фрагмент до > молекулы, поворачивать и увеличивать/уменьшать, менять параметры > связности. При этом ещё надо, чтобы можно было вычислять расстояния и > углы, и не только валентные. > > Вот только что попробовал ещё одну рисовалку: > http://www.lwfinger.net/drawxtl. Зашибенно тормозная и конкретно > неудобная. Надо потратить уйму времени, чтобы хоть что-то нарисовать, > когда это должно делаться парой кликов. > > Вот хотя бы аналог вот такой виндовой проги был бы: > http://www.toycrate.org/bs/index.html, хотя мне и она кажется не очень > удобной. Хорошо, я так понимаю Вы -- структурщик? Тогда, может -- HyperChem? > Но качественная рисовалка -- это не всё, что нужно. Данное рисование > делается уже после того, как структура полностью определена. А мне > нужен удобный инструмент во время этого процесса, когда не все атомы > найдены, но есть пики найденные из фурье-интеза. Программа которая > считает у меня есть, и она работает как под виндой, так и под линухом > (ею считают наверно 90% всех структурщиков). А вот простого и Если не секрет, а что это за программа? Больно уж интересно попробовать, ну хотя бы можно построить решетки оксидых соединений щелочных-щелочноземельных: Na2O2 .. , CaO2 ... а лучше алюминатов, силикатов можно? > функционального визуализатора нет. Под винду наиболее удобна XP из > пакета SHELXTL (т.к. она специально для этого создана в пару к проге, > что считает), но она только под винду и только платно. А для расчёта, наверное, нужны данные дифрактограмм (рентгенофазового-структурного анализа)? >> > так и не нашёл, сколько не искал. Хоть самому садись и пиши. Максимум >> > что могут большинство найденных -- это нарисовать как-то независимую >> > часть или ячейку. Но этого очень мало. >> >> Если есть алгоритм, могу присоединиться к написанию. >> :) > > Это скорее возглас отчаяния. Я не программер и не матиматик. Я просто > не осилю скорее всего написание серьёзной проги. И если что-то и буду > делать в этом направлении, то только на паскале, т.к. только его > синтаксис мне хоть как-то понятен. Я тоже заканчивал химфак. Если бы хотя бы пример какой простенький (что б зацепиться) или может подскажите доступную для восприятьия литературу, можно попробовать (языки и математика в общем то не пугает) > А основная трудность на мой взгляд -- это построение координационного > окружения конкретного атома, а также построение молекулы (или части её > в случае полимера). Трудность в том, что на входе у нас есть позиции > атомов независимой части и симметрия. недостающие атомы получаются из > независимых путём применения операторов симметрии. И заранее не > известно, какой оператор надо применить и к какому атому. При этом > симметрия пространственная, а не точечная, т.е. присутствуют не только > отражения, вращения, инверсия, но и трансляции. Не могли бы бросить примерчик из собственной жизни :) > А в остальном всё вроде довольно просто. Только придётся гонять > туда-сюда из кристаллографической в ортогональную систему координат. В > ортогональная для отрисовки и манипуляции со всей структурой в целом, > а в кристаллографическую для применения симметрии и вычисления > координат, плоскостей, длин связей, углов и т.п. Спасибо.