Re: [Comm] химическую рисовалку кто спрашивал?

["Aleksander N.Gorohovski" <angel@feht.dgtu.donetsk.ua>]

On Thu, 26 Apr 2007 06:26:09 +0400, Denis G. Samsonenko wrote:

> День добрый!
>
>> > Рисовалок структурных формул полно, вот только если бы результаты этих
>> > рисований можно было бы вставить в тот же ОО и сохранить формате,
>> > понимаемом микросовтовским офисом. А то с постскриптом далеко не
>> > уедешь.
>>
>> А если сделать ps -> jpeg
>> ?
>
> Структурную формулу растром? И что потом будет при масштабировании?

А разве jpeg (или png) это растр?

> Проблема в том, что нет единого варианта векторного формата,
> понимаемого как по виндой, так и под линухом. ОО понимает wmf/emf, но
> кривовато, да и ни одна прога под линух его не может генерить. А
> микросовтовский офис не понимает eps и прочее подобное.
>
>> Не всякую формулу можно быстро и "красиво" нарисовать
>> :)
>
> Не всякую, но мне редко приходится подобные формулы рисовать, я  
> неорнаник.

Приятно удивлен, но и я тоже.
:)

>> > А вот полноценного и удобного визуализатора кристаллических структур я
>> В ChemAxon есть визуализация 3D
>> (правда это не совсем кристаллическая структура)
>
> Дело не только нарисовать картинку. Чтобы её нарисовать нормально,
> надо, чтобы рисовалка понимала стандартные входные форматы файла,
> такие как cif, понимала симметрию и кристаллографичесикую систему
> координат (не всегда ортогональна), позволяла манипулировать
> структурой, как то: добавлять и убирать атомы, достраивать фрагмент до
> молекулы, поворачивать и увеличивать/уменьшать, менять параметры
> связности. При этом ещё надо, чтобы можно было вычислять расстояния и
> углы, и не только валентные.
>
> Вот только что попробовал ещё одну рисовалку:
> http://www.lwfinger.net/drawxtl. Зашибенно тормозная и конкретно
> неудобная. Надо потратить уйму времени, чтобы хоть что-то нарисовать,
> когда это должно делаться парой кликов.
>
> Вот хотя бы аналог вот такой виндовой проги был бы:
> http://www.toycrate.org/bs/index.html, хотя мне и она кажется не очень
> удобной.

Хорошо, я так понимаю Вы -- структурщик?
Тогда, может -- HyperChem?

> Но качественная рисовалка -- это не всё, что нужно. Данное рисование
> делается уже после того, как структура полностью определена. А мне
> нужен удобный инструмент во время этого процесса, когда не все атомы
> найдены, но есть пики найденные из фурье-интеза. Программа которая
> считает у меня есть, и она работает как под виндой, так и под линухом
> (ею считают наверно 90% всех структурщиков). А вот простого и

Если не секрет, а что это за программа?
Больно уж интересно попробовать,
ну хотя бы можно построить решетки оксидых соединений  
щелочных-щелочноземельных:
  Na2O2 .. , CaO2 ...
а лучше алюминатов, силикатов можно?

> функционального визуализатора нет. Под винду наиболее удобна XP из
> пакета SHELXTL (т.к. она специально для этого создана в пару к проге,
> что считает), но она только под винду и только платно.

А для расчёта, наверное, нужны данные дифрактограмм
(рентгенофазового-структурного анализа)?

>> > так и не нашёл, сколько не искал. Хоть самому садись и пиши. Максимум
>> > что могут большинство найденных -- это нарисовать как-то независимую
>> > часть или ячейку. Но этого очень мало.
>>
>> Если есть алгоритм, могу присоединиться к написанию.
>> :)
>
> Это скорее возглас отчаяния. Я не программер и не матиматик. Я просто
> не осилю скорее всего написание серьёзной проги. И если что-то и буду
> делать в этом направлении, то только на паскале, т.к. только его
> синтаксис мне хоть как-то понятен.

Я тоже заканчивал химфак.
Если бы хотя бы пример какой простенький (что б зацепиться) или
может подскажите доступную для восприятьия литературу,
можно попробовать (языки и математика в общем то не пугает)

> А основная трудность на мой взгляд -- это построение координационного
> окружения конкретного атома, а также построение молекулы (или части её
> в случае полимера). Трудность в том, что на входе у нас есть позиции
> атомов независимой части и симметрия. недостающие атомы получаются из
> независимых путём применения операторов симметрии. И заранее не
> известно, какой оператор надо применить и к какому атому. При этом
> симметрия пространственная, а не точечная, т.е. присутствуют не только
> отражения, вращения, инверсия, но и трансляции.

Не могли бы бросить примерчик из собственной жизни
:)

> А в остальном всё вроде довольно просто. Только придётся гонять
> туда-сюда из кристаллографической в ортогональную систему координат. В
> ортогональная для отрисовки и манипуляции со всей структурой в целом,
> а в кристаллографическую для применения симметрии и вычисления
> координат, плоскостей, длин связей, углов и т.п.

Спасибо.