* [Comm] падает прога на ядре 6.12.41
@ 2025-08-08 9:42 Денис Самсоненко
2025-08-08 11:50 ` Anton Farygin
2025-08-08 12:51 ` Michael Shigorin
0 siblings, 2 replies; 6+ messages in thread
From: Денис Самсоненко @ 2025-08-08 9:42 UTC (permalink / raw)
To: community
[-- Attachment #1: Type: text/plain, Size: 1352 bytes --]
День добрый!
У себя на p11 на домашней машине столкнулся с проблемой, что нужная
мне для работы прога перестала работать после обновления на ядро
6.12.41. При запуске в терминале никакого вывода нет и ничего не
происходит.
При загрузке с предыдущим ядром 6.12.27 прога работает нормально,
вывод в терминал есть, работает нормально.
Прога поставляется только в бинарном виде, на сколько я понимаю, она
скомпилирована из исходника на фортране.
Прикладываю вывод strace запусков на обоих версиях ядра (см. аттачмент).
Судя по выводу strace на ядре 6.12.41, там что-то падает по SIGSEGV,
если я правильно понимаю.
Это проблема с ядром, или с бинарником что-то не то? Последняя версия
от 2018 г и новее нет и скорее всего не будет. :(
--
Всего доброго,
Денис.
[-- Attachment #2: 6.12.27.log --]
[-- Type: text/x-log, Size: 9261 bytes --]
execve("/opt/shelx/shelxt", ["/opt/shelx/shelxt"], 0x7ffd95e6b4a8 /* 88 vars */) = 0
uname({sysname="Linux", nodename="ogion.localdomain", ...}) = 0
brk(NULL) = 0x10380000
brk(0x10381170) = 0x10381170
arch_prctl(ARCH_SET_FS, 0x10380860) = 0
set_tid_address(0x10380b30) = 4294
set_robust_list(0x10380b40, 24) = 0
futex(0x7ffe01d2f70c, FUTEX_WAKE_PRIVATE, 1) = 0
futex(0x7ffe01d2f70c, FUTEX_WAIT_BITSET_PRIVATE|FUTEX_CLOCK_REALTIME, 1, NULL, 0x10380860) = -1 EAGAIN (Ресурс временно недоступен)
rt_sigaction(SIGRTMIN, {sa_handler=0x19abe40, sa_mask=[], sa_flags=SA_RESTORER|SA_SIGINFO, sa_restorer=0x19aacd0}, NULL, 8) = 0
rt_sigaction(SIGRT_1, {sa_handler=0x19abd70, sa_mask=[], sa_flags=SA_RESTORER|SA_RESTART|SA_SIGINFO, sa_restorer=0x19aacd0}, NULL, 8) = 0
rt_sigprocmask(SIG_UNBLOCK, [RTMIN RT_1], NULL, 8) = 0
getrlimit(RLIMIT_STACK, {rlim_cur=8192*1024, rlim_max=RLIM64_INFINITY}) = 0
brk(0x103a2170) = 0x103a2170
brk(0x103a3000) = 0x103a3000
rt_sigaction(SIGFPE, {sa_handler=0x189dde0, sa_mask=[], sa_flags=SA_RESTORER|SA_RESTART|SA_NODEFER|SA_SIGINFO, sa_restorer=0x19aacd0}, NULL, 8) = 0
rt_sigaction(SIGILL, {sa_handler=0x189dde0, sa_mask=[], sa_flags=SA_RESTORER|SA_RESTART|SA_NODEFER|SA_SIGINFO, sa_restorer=0x19aacd0}, NULL, 8) = 0
rt_sigaction(SIGSEGV, {sa_handler=0x189dde0, sa_mask=[], sa_flags=SA_RESTORER|SA_RESTART|SA_NODEFER|SA_SIGINFO, sa_restorer=0x19aacd0}, NULL, 8) = 0
rt_sigaction(SIGABRT, {sa_handler=0x189dde0, sa_mask=[], sa_flags=SA_RESTORER|SA_RESTART|SA_NODEFER|SA_SIGINFO, sa_restorer=0x19aacd0}, NULL, 8) = 0
rt_sigaction(SIGTERM, {sa_handler=0x189dde0, sa_mask=[], sa_flags=SA_RESTORER|SA_RESTART|SA_NODEFER|SA_SIGINFO, sa_restorer=0x19aacd0}, NULL, 8) = 0
rt_sigaction(SIGQUIT, {sa_handler=0x189dde0, sa_mask=[], sa_flags=SA_RESTORER|SA_RESTART|SA_NODEFER|SA_SIGINFO, sa_restorer=0x19aacd0}, {sa_handler=SIG_DFL, sa_mask=[], sa_flags=0}, 8) = 0
rt_sigaction(SIGINT, {sa_handler=0x189dde0, sa_mask=[], sa_flags=SA_RESTORER|SA_RESTART|SA_NODEFER|SA_SIGINFO, sa_restorer=0x19aacd0}, {sa_handler=SIG_DFL, sa_mask=[], sa_flags=0}, 8) = 0
futex(0x2004aa0, FUTEX_WAKE_PRIVATE, 2147483647) = 0
open("/proc/cpuinfo", O_RDONLY) = 3
fstat(3, {st_mode=S_IFREG|0444, st_size=0, ...}) = 0
mmap(NULL, 4096, PROT_READ|PROT_WRITE, MAP_PRIVATE|MAP_ANONYMOUS, -1, 0) = 0x7fe6e55fc000
read(3, "processor\t: 0\nvendor_id\t: Authen"..., 1024) = 1024
close(3) = 0
munmap(0x7fe6e55fc000, 4096) = 0
open("/proc/stat", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3
read(3, "cpu 8856 25 2780 262157 1801 0 "..., 8192) = 2484
close(3) = 0
rt_sigaction(SIGHUP, NULL, {sa_handler=SIG_DFL, sa_mask=[], sa_flags=0}, 8) = 0
rt_sigaction(SIGINT, NULL, {sa_handler=0x189dde0, sa_mask=[], sa_flags=SA_RESTORER|SA_RESTART|SA_NODEFER|SA_SIGINFO, sa_restorer=0x19aacd0}, 8) = 0
rt_sigaction(SIGQUIT, NULL, {sa_handler=0x189dde0, sa_mask=[], sa_flags=SA_RESTORER|SA_RESTART|SA_NODEFER|SA_SIGINFO, sa_restorer=0x19aacd0}, 8) = 0
rt_sigaction(SIGILL, NULL, {sa_handler=0x189dde0, sa_mask=[], sa_flags=SA_RESTORER|SA_RESTART|SA_NODEFER|SA_SIGINFO, sa_restorer=0x19aacd0}, 8) = 0
rt_sigaction(SIGABRT, NULL, {sa_handler=0x189dde0, sa_mask=[], sa_flags=SA_RESTORER|SA_RESTART|SA_NODEFER|SA_SIGINFO, sa_restorer=0x19aacd0}, 8) = 0
rt_sigaction(SIGFPE, NULL, {sa_handler=0x189dde0, sa_mask=[], sa_flags=SA_RESTORER|SA_RESTART|SA_NODEFER|SA_SIGINFO, sa_restorer=0x19aacd0}, 8) = 0
rt_sigaction(SIGBUS, NULL, {sa_handler=SIG_DFL, sa_mask=[], sa_flags=0}, 8) = 0
rt_sigaction(SIGSEGV, NULL, {sa_handler=0x189dde0, sa_mask=[], sa_flags=SA_RESTORER|SA_RESTART|SA_NODEFER|SA_SIGINFO, sa_restorer=0x19aacd0}, 8) = 0
rt_sigaction(SIGSYS, NULL, {sa_handler=SIG_DFL, sa_mask=[], sa_flags=0}, 8) = 0
rt_sigaction(SIGTERM, NULL, {sa_handler=0x189dde0, sa_mask=[], sa_flags=SA_RESTORER|SA_RESTART|SA_NODEFER|SA_SIGINFO, sa_restorer=0x19aacd0}, 8) = 0
rt_sigaction(SIGPIPE, NULL, {sa_handler=SIG_DFL, sa_mask=[], sa_flags=0}, 8) = 0
getrusage(RUSAGE_SELF, {ru_utime={tv_sec=0, tv_usec=0}, ru_stime={tv_sec=0, tv_usec=623}, ...}) = 0
open("/etc/localtime", O_RDONLY) = 3
fstat(3, {st_mode=S_IFREG|0644, st_size=753, ...}) = 0
fstat(3, {st_mode=S_IFREG|0644, st_size=753, ...}) = 0
mmap(NULL, 4096, PROT_READ|PROT_WRITE, MAP_PRIVATE|MAP_ANONYMOUS, -1, 0) = 0x7fe6e55fc000
read(3, "TZif2\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0"..., 4096) = 753
lseek(3, -702, SEEK_CUR) = 51
read(3, "TZif2\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0\0"..., 4096) = 702
close(3) = 0
munmap(0x7fe6e55fc000, 4096) = 0
ioctl(1, TCGETS, {c_iflag=ICRNL|IXON, c_oflag=NL0|CR0|TAB0|BS0|VT0|FF0|OPOST|ONLCR, c_cflag=B38400|CS8|CREAD, c_lflag=ISIG|ICANON|ECHO|ECHOE|ECHOK|IEXTEN|ECHOCTL|ECHOKE, ...}) = 0
readlink("/proc/self/fd/1", "/dev/pts/0", 4095) = 10
ioctl(1, TCGETS, {c_iflag=ICRNL|IXON, c_oflag=NL0|CR0|TAB0|BS0|VT0|FF0|OPOST|ONLCR, c_cflag=B38400|CS8|CREAD, c_lflag=ISIG|ICANON|ECHO|ECHOE|ECHOK|IEXTEN|ECHOCTL|ECHOKE, ...}) = 0
fstat(1, {st_mode=S_IFCHR|0600, st_rdev=makedev(0x88, 0), ...}) = 0
ioctl(1, TCGETS, {c_iflag=ICRNL|IXON, c_oflag=NL0|CR0|TAB0|BS0|VT0|FF0|OPOST|ONLCR, c_cflag=B38400|CS8|CREAD, c_lflag=ISIG|ICANON|ECHO|ECHOE|ECHOK|IEXTEN|ECHOCTL|ECHOKE, ...}) = 0
write(1, "\n", 1) = 1
write(1, " +++++++++++++++++++++++++++++++"..., 72) = 72
write(1, " + SHELXT - CRYSTAL STRUCTURE"..., 72) = 72
write(1, " + Copyright(c) George M. Shel"..., 72) = 72
write(1, " + Started at 16:29:20 on 08 Au"..., 72) = 72
write(1, " +++++++++++++++++++++++++++++++"..., 72) = 72
write(1, "\n", 1) = 1
write(1, " SHELXT should be started by:\n", 30) = 30
write(1, "\n", 1) = 1
write(1, " shelxt name\n", 13) = 13
write(1, "\n", 1) = 1
write(1, " to read name.ins and name.hkl, "..., 74) = 74
write(1, " on the same line (default setti"..., 76) = 76
write(1, " element present and Laue group "..., 74) = 74
write(1, " are taken from the .ins file. O"..., 77) = 77
write(1, " from this file. If -l is not se"..., 77) = 77
write(1, "\n", 1) = 1
write(1, " General:\n", 10) = 10
write(1, " -l Laue group N (SADABS code). "..., 64) = 64
write(1, " N=16 monoclinic with a unique, "..., 62) = 62
write(1, " -tN use N threads, otherwise us"..., 63) = 63
write(1, " -d highest resolution to be emp"..., 46) = 46
write(1, " -e fill out missing data to spe"..., 56) = 56
write(1, " where X is max(0.8,d-0.1) an"..., 63) = 63
write(1, "\n", 1) = 1
write(1, " Phasing:\n", 10) = 10
write(1, " -q structure factors Go=E^q*Fo^"..., 46) = 46
write(1, " -iN NGo-(N-1)Gc map in dual spa"..., 51) = 51
write(1, " -o switch OFF Patterson superpo"..., 56) = 56
write(1, " -kN apply random omit every kth"..., 45) = 45
write(1, " -fX randomly omit fraction X of"..., 47) = 47
write(1, " -z sigma threshold for P1 peak-"..., 47) = 47
write(1, " -uX tangent expansion for E>X a"..., 55) = 55
write(1, " -v atomic volume threshold for "..., 54) = 54
write(1, " -m initial number of P1 dual sp"..., 55) = 55
write(1, " -b spread factor for atom masks"..., 39) = 39
write(1, " -jX CFOM = 0.01*CC - X*R(weak) "..., 38) = 38
write(1, " -y CFOM = CHEM*CC (alternative "..., 54) = 54
write(1, " -xX accept if CFOM > X+0.01*max"..., 72) = 72
write(1, "\n", 1) = 1
write(1, " CHEM is a 'chemical' figure of "..., 71) = 71
write(1, " reasonable) and 0.0 (awful). Cu"..., 71) = 71
write(1, " the fraction of bond angles bet"..., 69) = 69
write(1, " 20% highest and 10% lowest peak"..., 67) = 67
write(1, " compounds and ligands, not for "..., 71) = 71
write(1, " CC and R(weak) fail to distingu"..., 69) = 69
write(1, " solutions.\n", 12) = 12
write(1, "\n", 1) = 1
write(1, " Space group determination:\n", 28) = 28
write(1, " -s\"Name\" space group (replace \""..., 66) = 66
write(1, " -c space group restricted to th"..., 61) = 61
write(1, " -n space group restricted to no"..., 56) = 56
write(1, " -w worst alpha gap for a possib"..., 53) = 53
write(1, " -p maximum number of atoms in f"..., 68) = 68
write(1, " -g smallest gap in R1 to best c"..., 63) = 63
write(1, " -h halt if R1 is less that this"..., 42) = 42
write(1, " -r radius around peak for densi"..., 55) = 55
write(1, " -aX search ALL space groups in "..., 70) = 70
write(1, "\n", 1) = 1
write(1, " -a overrides -g, -h and -w, but"..., 70) = 70
write(1, " equivalent to -a0.3.\n", 22) = 22
write(1, "\n", 1) = 1
write(1, " If the default settings fail, t"..., 77) = 77
write(1, " solution is a mess, -q1 or -m10"..., 70) = 70
write(1, " 0.85. Also worth trying is trun"..., 65) = 65
write(1, "\n", 1) = 1
write(1, " Please cite: G.M. Sheldrick (2"..., 70) = 70
write(1, " and crystal-structure determin"..., 68) = 68
write(1, " Access) if SHELXT proves usefu"..., 35) = 35
write(1, "\n", 1) = 1
exit_group(0) = ?
+++ exited with 0 +++
[-- Attachment #3: 6.12.41.log --]
[-- Type: text/x-log, Size: 2507 bytes --]
execve("/opt/shelx/shelxt", ["/opt/shelx/shelxt"], 0x7fffa7fc7798 /* 48 vars */) = 0
uname({sysname="Linux", nodename="ogion.localdomain", ...}) = 0
brk(NULL) = 0x3bb3a000
brk(0x3bb3b170) = 0x3bb3b170
arch_prctl(ARCH_SET_FS, 0x3bb3a860) = 0
set_tid_address(0x3bb3ab30) = 2214
set_robust_list(0x3bb3ab40, 24) = 0
futex(0x7fff24d1516c, FUTEX_WAKE_PRIVATE, 1) = 0
futex(0x7fff24d1516c, FUTEX_WAIT_BITSET_PRIVATE|FUTEX_CLOCK_REALTIME, 1, NULL, 0x3bb3a860) = -1 EAGAIN (Ресурс временно недоступен)
rt_sigaction(SIGRTMIN, {sa_handler=0x19abe40, sa_mask=[], sa_flags=SA_RESTORER|SA_SIGINFO, sa_restorer=0x19aacd0}, NULL, 8) = 0
rt_sigaction(SIGRT_1, {sa_handler=0x19abd70, sa_mask=[], sa_flags=SA_RESTORER|SA_RESTART|SA_SIGINFO, sa_restorer=0x19aacd0}, NULL, 8) = 0
rt_sigprocmask(SIG_UNBLOCK, [RTMIN RT_1], NULL, 8) = 0
getrlimit(RLIMIT_STACK, {rlim_cur=8192*1024, rlim_max=RLIM64_INFINITY}) = 0
brk(0x3bb5c170) = 0x3bb5c170
brk(0x3bb5d000) = 0x3bb5d000
rt_sigaction(SIGFPE, {sa_handler=0x189dde0, sa_mask=[], sa_flags=SA_RESTORER|SA_RESTART|SA_NODEFER|SA_SIGINFO, sa_restorer=0x19aacd0}, NULL, 8) = 0
rt_sigaction(SIGILL, {sa_handler=0x189dde0, sa_mask=[], sa_flags=SA_RESTORER|SA_RESTART|SA_NODEFER|SA_SIGINFO, sa_restorer=0x19aacd0}, NULL, 8) = 0
rt_sigaction(SIGSEGV, {sa_handler=0x189dde0, sa_mask=[], sa_flags=SA_RESTORER|SA_RESTART|SA_NODEFER|SA_SIGINFO, sa_restorer=0x19aacd0}, NULL, 8) = 0
rt_sigaction(SIGABRT, {sa_handler=0x189dde0, sa_mask=[], sa_flags=SA_RESTORER|SA_RESTART|SA_NODEFER|SA_SIGINFO, sa_restorer=0x19aacd0}, NULL, 8) = 0
rt_sigaction(SIGTERM, {sa_handler=0x189dde0, sa_mask=[], sa_flags=SA_RESTORER|SA_RESTART|SA_NODEFER|SA_SIGINFO, sa_restorer=0x19aacd0}, NULL, 8) = 0
rt_sigaction(SIGQUIT, {sa_handler=0x189dde0, sa_mask=[], sa_flags=SA_RESTORER|SA_RESTART|SA_NODEFER|SA_SIGINFO, sa_restorer=0x19aacd0}, {sa_handler=SIG_DFL, sa_mask=[], sa_flags=0}, 8) = 0
rt_sigaction(SIGINT, {sa_handler=0x189dde0, sa_mask=[], sa_flags=SA_RESTORER|SA_RESTART|SA_NODEFER|SA_SIGINFO, sa_restorer=0x19aacd0}, {sa_handler=SIG_DFL, sa_mask=[], sa_flags=0}, 8) = 0
futex(0x2004aa0, FUTEX_WAKE_PRIVATE, 2147483647) = 0
--- SIGSEGV {si_signo=SIGSEGV, si_code=SEGV_MAPERR, si_addr=0xffffffffff600000} ---
--- SIGSEGV {si_signo=SIGSEGV, si_code=SEGV_MAPERR, si_addr=0xffffffffff600000} ---
exit_group(174) = ?
+++ exited with 174 +++
^ permalink raw reply [flat|nested] 6+ messages in thread* Re: [Comm] падает прога на ядре 6.12.41
2025-08-08 9:42 [Comm] падает прога на ядре 6.12.41 Денис Самсоненко
@ 2025-08-08 11:50 ` Anton Farygin
2025-08-08 12:51 ` Денис Самсоненко
2025-08-08 12:51 ` Michael Shigorin
1 sibling, 1 reply; 6+ messages in thread
From: Anton Farygin @ 2025-08-08 11:50 UTC (permalink / raw)
To: community
Видимо виновато
- config: Enable CONFIG_LEGACY_VSYSCALL_NONE=y.
которое было применено в https://packages.altlinux.org/ru/tasks/387626/
Сообщите в bugzilla о вашей проблеме, пожалуйста.
Ну и посмотрите ещё|ldd /opt/shelx/shelxt - если программа собрана не статически то есть
вариант.|
On 8/8/25 12:42, Денис Самсоненко wrote:
> День добрый!
>
> У себя на p11 на домашней машине столкнулся с проблемой, что нужная
> мне для работы прога перестала работать после обновления на ядро
> 6.12.41. При запуске в терминале никакого вывода нет и ничего не
> происходит.
>
> При загрузке с предыдущим ядром 6.12.27 прога работает нормально,
> вывод в терминал есть, работает нормально.
>
> Прога поставляется только в бинарном виде, на сколько я понимаю, она
> скомпилирована из исходника на фортране.
>
> Прикладываю вывод strace запусков на обоих версиях ядра (см. аттачмент).
>
> Судя по выводу strace на ядре 6.12.41, там что-то падает по SIGSEGV,
> если я правильно понимаю.
>
>
> Это проблема с ядром, или с бинарником что-то не то? Последняя версия
> от 2018 г и новее нет и скорее всего не будет. :(
>
>
>
> _______________________________________________
> community mailing list
> community@lists.altlinux.org
> https://lists.altlinux.org/mailman/listinfo/community
^ permalink raw reply [flat|nested] 6+ messages in thread
* Re: [Comm] падает прога на ядре 6.12.41
2025-08-08 9:42 [Comm] падает прога на ядре 6.12.41 Денис Самсоненко
2025-08-08 11:50 ` Anton Farygin
@ 2025-08-08 12:51 ` Michael Shigorin
2025-08-08 13:07 ` Денис Самсоненко
1 sibling, 1 reply; 6+ messages in thread
From: Michael Shigorin @ 2025-08-08 12:51 UTC (permalink / raw)
To: community
On Fri, Aug 08, 2025 at 04:42:45PM +0700, Денис Самсоненко wrote:
> Прога поставляется только в бинарном виде, на сколько я
> понимаю, она скомпилирована из исходника на фортране.
Только было хотел сказать, что в альте есть shelxle,
да вспомнил, что Вы же пакет и сопровождали;
а shelxt именно бинарный и всё?
> execve("/opt/shelx/shelxt", ["/opt/shelx/shelxt"], 0x7fffa7fc7798 /* 48 vars */) = 0
Так-то если есть исходники, есть кого и по фортрану спросить.
--
Michael Shigorin
http://altlinux.org/elbrus
^ permalink raw reply [flat|nested] 6+ messages in thread* Re: [Comm] падает прога на ядре 6.12.41
2025-08-08 12:51 ` Michael Shigorin
@ 2025-08-08 13:07 ` Денис Самсоненко
0 siblings, 0 replies; 6+ messages in thread
From: Денис Самсоненко @ 2025-08-08 13:07 UTC (permalink / raw)
To: ALT Linux Community general discussions
День добрый!
пт, 8 авг. 2025 г. в 19:59, Michael Shigorin <mike@altlinux.org>:
> Только было хотел сказать, что в альте есть shelxle,
> да вспомнил, что Вы же пакет и сопровождали;
> а shelxt именно бинарный и всё?
ShelXLe — это gui к пакету SHELX, чтобы рисовать структуру по
координатам и запускать SHELXL и SHELXT для решения и уточнения.
> > execve("/opt/shelx/shelxt", ["/opt/shelx/shelxt"], 0x7fffa7fc7798 /* 48 vars */) = 0
> Так-то если есть исходники, есть кого и по фортрану спросить.
К сожалению, актуальный SHELX (2018) распространяется только в
бинарном виде. Раньше в SHELX-97 были и исходники, которые можно было
скомпилировать самому.
--
Всего доброго,
Денис.
^ permalink raw reply [flat|nested] 6+ messages in thread
end of thread, other threads:[~2025-08-08 13:31 UTC | newest]
Thread overview: 6+ messages (download: mbox.gz / follow: Atom feed)
-- links below jump to the message on this page --
2025-08-08 9:42 [Comm] падает прога на ядре 6.12.41 Денис Самсоненко
2025-08-08 11:50 ` Anton Farygin
2025-08-08 12:51 ` Денис Самсоненко
2025-08-08 13:31 ` Anton Farygin
2025-08-08 12:51 ` Michael Shigorin
2025-08-08 13:07 ` Денис Самсоненко
ALT Linux Community general discussions
This inbox may be cloned and mirrored by anyone:
git clone --mirror http://lore.altlinux.org/community/0 community/git/0.git
# If you have public-inbox 1.1+ installed, you may
# initialize and index your mirror using the following commands:
public-inbox-init -V2 community community/ http://lore.altlinux.org/community \
mandrake-russian@linuxteam.iplabs.ru community@lists.altlinux.org community@lists.altlinux.ru community@lists.altlinux.com
public-inbox-index community
Example config snippet for mirrors.
Newsgroup available over NNTP:
nntp://lore.altlinux.org/org.altlinux.lists.community
AGPL code for this site: git clone https://public-inbox.org/public-inbox.git