Re: [Comm] химическую рисовалку кто спрашивал?

["Denis G. Samsonenko" <d.g.samsonenko@gmail.com>]

Вечер добрый!

27.04.07, Aleksander N.Gorohovski написал:
> >> А если сделать ps -> jpeg
> >> ?
> > Структурную формулу растром? И что потом будет при масштабировании?
>
> А разве jpeg (или png) это растр?

А что же это? Уж во всяком случае не вектор.

> > Вот хотя бы аналог вот такой виндовой проги был бы:
> > http://www.toycrate.org/bs/index.html, хотя мне и она кажется не очень
> > удобной.
>
> Хорошо, я так понимаю Вы -- структурщик?

Скажем так: я химик, который в состоянии самостоятельно проводить
рентгеноструктурный анализ, начиная от установки кристалла на
дифрактометр и заканчивая решеием и уточнением собственно
кристаллической структуры.

> Тогда, может -- HyperChem?

"HyperChem - комплексный программный продукт, предназначенный для
задач молекулярного моделирования. Он включает в себя программы,
реализующие методы молекулярной механики, квантовой химии и
молекулярной динамики."

Это несколько не то. Это для моделирования, а я занимаюсь определением
структуры по дифракционным данным.

> > ... Программа которая
> > считает у меня есть, и она работает как под виндой, так и под линухом
> > (ею считают наверно 90% всех структурщиков). А вот простого и
>
> Если не секрет, а что это за программа?

Та, что считает -- пакет SHELX-97. http://shelx.uni-ac.gwdg.de/SHELX/

> Больно уж интересно попробовать,
> ну хотя бы можно построить решетки оксидых соединений
> щелочных-щелочноземельных:
>   Na2O2 .. , CaO2 ...
> а лучше алюминатов, силикатов можно?

Не совсем понял. Надо нарисовать структуры соединений с известной
структурой, или что? Берётся соответствующий cif-файл из банка
структурных данных (или ещё откуда) и рисуется в соответствующей
программе. Комерческих визуализаторов полно. Нет хорошего свободного
аналога.

Из бесплатно доступных (с ограниченной функциональностью) могу
порекомендовать Mercury:
http://www.ccdc.cam.ac.uk/free_services/mercury/.

> > функционального визуализатора нет. Под винду наиболее удобна XP из
> > пакета SHELXTL (т.к. она специально для этого создана в пару к проге,
> > что считает), но она только под винду и только платно.
>
> А для расчёта, наверное, нужны данные дифрактограмм
> (рентгенофазового-структурного анализа)?

Конечно. Данные с дифрактометра.

> Я тоже заканчивал химфак.
> Если бы хотя бы пример какой простенький (что б зацепиться) или
> может подскажите доступную для восприятьия литературу,
> можно попробовать (языки и математика в общем то не пугает)

Пример чего надобен?

> > А основная трудность на мой взгляд -- это построение координационного
> > окружения конкретного атома, а также построение молекулы (или части её
> > в случае полимера). Трудность в том, что на входе у нас есть позиции
> > атомов независимой части и симметрия. недостающие атомы получаются из
> > независимых путём применения операторов симметрии. И заранее не
> > известно, какой оператор надо применить и к какому атому. При этом
> > симметрия пространственная, а не точечная, т.е. присутствуют не только
> > отражения, вращения, инверсия, но и трансляции.
>
> Не могли бы бросить примерчик из собственной жизни
> :)

Опять же пример чего?

По поводу литературы. Вот тут есть кое что в электронном виде:

http://www.iucr.org/iucr-top/comm/cteach/pamphlets.html

А так, возьмите любую книгу по кристаллографии. На русском языке новых
книг нет, только 60-х -- 70-х годов. На английском есть неплохие
книжки от международного союза кристаллографов (www.iucr.ogr), я тут
купил себе парочку.

Чувствую, что пора перебираться с этим обсуждением из этого списка
рассылки куда-нибудь, а то это всё оффтопик конкретный.

-- 
Всего доброго,

Денис.