Re: [Comm] химическую рисовалку кто спрашивал?

["Denis G. Samsonenko" <d.g.samsonenko@gmail.com>]

День добрый!

> > Рисовалок структурных формул полно, вот только если бы результаты этих
> > рисований можно было бы вставить в тот же ОО и сохранить формате,
> > понимаемом микросовтовским офисом. А то с постскриптом далеко не
> > уедешь.
>
> А если сделать ps -> jpeg
> ?

Структурную формулу растром? И что потом будет при масштабировании?
Проблема в том, что нет единого варианта векторного формата,
понимаемого как по виндой, так и под линухом. ОО понимает wmf/emf, но
кривовато, да и ни одна прога под линух его не может генерить. А
микросовтовский офис не понимает eps и прочее подобное.

> Не всякую формулу можно быстро и "красиво" нарисовать
> :)

Не всякую, но мне редко приходится подобные формулы рисовать, я неорнаник.

> > А вот полноценного и удобного визуализатора кристаллических структур я
> В ChemAxon есть визуализация 3D
> (правда это не совсем кристаллическая структура)

Дело не только нарисовать картинку. Чтобы её нарисовать нормально,
надо, чтобы рисовалка понимала стандартные входные форматы файла,
такие как cif, понимала симметрию и кристаллографичесикую систему
координат (не всегда ортогональна), позволяла манипулировать
структурой, как то: добавлять и убирать атомы, достраивать фрагмент до
молекулы, поворачивать и увеличивать/уменьшать, менять параметры
связности. При этом ещё надо, чтобы можно было вычислять расстояния и
углы, и не только валентные.

Вот только что попробовал ещё одну рисовалку:
http://www.lwfinger.net/drawxtl. Зашибенно тормозная и конкретно
неудобная. Надо потратить уйму времени, чтобы хоть что-то нарисовать,
когда это должно делаться парой кликов.

Вот хотя бы аналог вот такой виндовой проги был бы:
http://www.toycrate.org/bs/index.html, хотя мне и она кажется не очень
удобной.

Но качественная рисовалка -- это не всё, что нужно. Данное рисование
делается уже после того, как структура полностью определена. А мне
нужен удобный инструмент во время этого процесса, когда не все атомы
найдены, но есть пики найденные из фурье-интеза. Программа которая
считает у меня есть, и она работает как под виндой, так и под линухом
(ею считают наверно 90% всех структурщиков). А вот простого и
функционального визуализатора нет. Под винду наиболее удобна XP из
пакета SHELXTL (т.к. она специально для этого создана в пару к проге,
что считает), но она только под винду и только платно.

> > так и не нашёл, сколько не искал. Хоть самому садись и пиши. Максимум
> > что могут большинство найденных -- это нарисовать как-то независимую
> > часть или ячейку. Но этого очень мало.
>
> Если есть алгоритм, могу присоединиться к написанию.
> :)

Это скорее возглас отчаяния. Я не программер и не матиматик. Я просто
не осилю скорее всего написание серьёзной проги. И если что-то и буду
делать в этом направлении, то только на паскале, т.к. только его
синтаксис мне хоть как-то понятен.

А основная трудность на мой взгляд -- это построение координационного
окружения конкретного атома, а также построение молекулы (или части её
в случае полимера). Трудность в том, что на входе у нас есть позиции
атомов независимой части и симметрия. недостающие атомы получаются из
независимых путём применения операторов симметрии. И заранее не
известно, какой оператор надо применить и к какому атому. При этом
симметрия пространственная, а не точечная, т.е. присутствуют не только
отражения, вращения, инверсия, но и трансляции.

А в остальном всё вроде довольно просто. Только придётся гонять
туда-сюда из кристаллографической в ортогональную систему координат. В
ортогональная для отрисовки и манипуляции со всей структурой в целом,
а в кристаллографическую для применения симметрии и вычисления
координат, плоскостей, длин связей, углов и т.п.

-- 
Всего доброго,

Денис.