Twas brillig at 17:26:23 07.03.2008 UTC+03 when Владимир Гусев did gyre and gimble:

 ВГ> Ну да.. единственное НО, чтобы шрифты сразу же, без перезагрузок
 ВГ> всяких увиделись в программах qt/gtk2, нужно пересоздать этот кэш..

Не поверю, пока не увижу. fontconfig при старте безо всяких fc-cache
просасывает все шрифты.

У меня есть только одно подозрение - это ваш локальный misconfiguration:
программы используют старый кэш в ~/.fonts.cache-1, который не может
обновиться из-за того, что кто-то его от рута создал.

Кэш - это КЭШ. Если от его наличия/отстутствия зависит хоть что-то,
кроме скорости работы - это ОШИБКА, и её надо репортить.

--