1. root/sudo apt-get install rpm-build kernel-build-tools

2. rpm -i kernel-image-<flavour>-<ver>-<rel>.src.rpm
    где flavour - std-up, std-smp, wks-up, wks-smp, std26-up...

3. cd /home/user/RPM/SPECS

4. rpm -ba --target i586 kernel-<flavour>.spec
    это в случае 2.4 ядра, в случае с 2.6 spec
    называется kernel-image-<flavour>.spec

5. Доустановить что потребует. Скорее всего это 
    kernel-source-<ver>-<patch-level>-<rel>.noarch.rpm
    kernel-feat-*
    kernel-fix-*

6. опять rpm -ba --target i586 kernel-<flavour>.spec

7. Если собралось, то бинарные пакеты будут в ~/RPM/RPMS/i586.
    Установить их
    cd ~/RPM/RPMS/i586
    root/sudo apt-get install kernel-image-<flavour>-<ver>-<rel>.i586.rpm \
	kernel-headers-<flavour>-<ver>-<rel>.i586.rpm \
	kernel-headers-modules-<flavour>-<ver>-<rel>.i586.rpm

8. Собрать необходимые внешние модули:
    a) rpm -i kernel-modules-<modname>-<flavour>-<modver>-<modrel>.src.rpm
	modrel - что-то alt1.3, где последняя 3 значит, что модули для
	ядра-<flavour>-<ver>-alt3
    b) rpm -ba --target i586 kernel-modules-<modname>-<flavour>.spec
    c) Доустановить, что потребует
	kernel-source-<modname>-<modver>-<modver>-<rel>.i586.rpm
    d) И опять
	rpm -ba --target i586 kernel-modules-<modname>-<flavour>.spec
    
    e) Установить их, если собрались
    cd ~/RPM/RPMS/i586
    root/sudo apt-get install kernel-modules-<modname>-<flavour>-<modver>-<modrel>.i586.rpm
    
9. Поправить конфиг lilo/grup (может добавить что-то в append).
    Запустить lilo. В случае с grub не знаю.

10. Перезагрузка.

В этом случае соберется такое-же ядро (по названию) как уже лежит в
репозитарии ALTLinux или уже установлено у Вас в системе. Иногда это
не очень удобно. Чтобы этого не случилось, можно добавить еще один 
номер в <release> ядра перед 4 этапом. 
Для этого в kernel-[image]-<flavour>.spec изменить строчку
%define krelease altN
на
%define krelease altN.M

теперь название пакета собранного ядра будет выглядеть
kernel-image-<flavour>-<ver>-altN.M.i586.rpm

При этом при сборке внешних модулей необходимо изменить в spec krelease
перед 8b этапом
%define krelease	altK.N
на
%define krelease	altK.N.M

и название пакета собранного модуля будет
kernel-modules-<modname>-<flavour>-<modver>-altK.N.M
т.е модуль собран для ядра-altN.M

Самым большим элементом для сборки ядра являются kernel-source.