Подскажите, имеет ли смысл делать домен на базе samba/ldap/kerberos,
или лучше просто плюхнуть в контейнер WinServer с AD?

Желательно с плюсами и минусами того и другого на ваш взгляд.

В сети десктопы только на винде, линуксовые вряд ли будут.
Сервера (файлсервера, почта, прокси) все линуксовые, и ими останутся.