From: "Denis G. Samsonenko" <d.g.samsonenko@gmail.com> To: smoke-room@lists.altlinux.org, "Aleksander N.Gorohovski" <angel@feht.dgtu.donetsk.ua> Subject: Re: [room] [Comm] химическую рисовалку кто спрашивал? Date: Fri, 27 Apr 2007 10:38:25 +0900 Message-ID: <957265820704261838q117902dbrba20e6c9eb1f904@mail.gmail.com> (raw) In-Reply-To: <op.trej1mmfmb8vzs@oc.peooc.net> Утро доброе! 27.04.07, Aleksander N.Gorohovski написал: > Sorry, > заканчиваю (если можно в "личку") Я всего-лишь опасался, что из community@ могут попросить в виду офтопика. Но раз Михаил сказал, что это не совсем конкретный офтопик, то можно и продолжить. :) Но всё же отвечаю в smoke-room (и копию личкой на всякий случай). > Мне, тоже по мере надобности приходится снимать дифрактограммы (ДРОН УМ1), > но пока лишь для фазового анализа > (написал программу расшифровки и собрал ручками БД на основе ASTM, около > 6500 фаз). Ну, рентгенофазовым анализом особо не занимался. Максимум порошкограммы снимаю для того, чтобы показать, что структура конкретного кристалла соответствует всей фазе (сравнение расчётной и ихмеренной порошкограмм). > > Та, что считает -- пакет SHELX-97. http://shelx.uni-ac.gwdg.de/SHELX/ > А под ALT Linux у Вас получилось её собрать? > Насколько я знаю в основном её пользуют под DOS (возможно я ошибаюсь) > к моему большому сожалению не нашлось рядом добрых людей показать как > с ней работают. Там все программы консольные, на входе текстовые файлы, на выходе текстовые файлы и вывод на экран. Так что ничего специфичного для DOS там нет. Мало того, на сколько я знаю, этот пакет изначально писался под юниксы. Написан на fortran-77, так что с компилированием проблем нет. Но я в общем и не компилирую обычно, использую готовые бинари, разницы особенной нет. > > структурных данных (или ещё откуда) и рисуется в соответствующей > банк данных? Не подскажите где его обычно можно найти Сужествует 2 банка структурных данных: для органических соединений и для неорганичаеских соединений. Оба покупаются за деньги. Банк органических структур наиболее развит. И не смотря на название, там есть структуры не только собственно органических соединений. Туда попадают все структуры, в которых есть хоть одна органическая молекула. А потому там полно координационных соединений. У нас в институте есть оба банка, причём банк органических структур обновляется каждые пол года. Банк неорганических структур старый, да и вообще получен скорее нелегально. Во многих статьях, в которых публикуют структуры, есть ссылка на номер структуры в банке данных (можно по этому номеру вытащить структуру с сайта банка бесплатно), или можно вытащить cif-файл со структурой из Supporting Information к статье с сайта журнала. > > Из бесплатно доступных (с ограниченной функциональностью) могу > > порекомендовать Mercury: > > http://www.ccdc.cam.ac.uk/free_services/mercury/. > А в ней есть этот самый банк данных cif-файлов Нет, она только для рисования. Но она может работать с банком органических структур, да и она идёт вместе с ним, но может быть скачана бесплатно и отдельно от него. > > Пример чего надобен? > Наверное я неправильно сформулировал мысль из-за того, что не приходилось > работать с той же SHELX-97 и плохо представил, что и в каком виде обычно > задают > для расчёта структур. Рефлексы? Элементный состав кристалла? Для определения структуры необходимо как минимум: параметры ячейки и файл с интенсивностями померянных рефлексов, проиндексированных в данной ячейке. Далее по этим данным происходит определение пространственной группы симметрии и записывается исходный вводый файл для програмы решения структуры. Этот файл содержит сведения о параметрах ячейки, симметрии и примерном составе. На программу, которая решает структуру (находит модель) подаётся этот файл вместе с файлом с рефлексами. На выходе получается файл подобного же формата, содержащий пики электронной плотности, которые надо соотнести с атомами. Некоторые атомы (в основном тяжёлые) определяются автоматически на этом первом шаге, но не всегда верно. Далее происходит итеративный процесс, когда человек обозначает найденные из фурье-синтеза пики как некоторые атомы и прогоняет уточнение методом МНК. Когда все атомы отнесены, структура считается решённой. Пример, как это делается есть в мануале к пакету SHELX-97, ссылку на сайт которого я давал выше. Мануал можно скачать свободно с сайта. > > По поводу литературы. Вот тут есть кое что в электронном виде: > > http://www.iucr.org/iucr-top/comm/cteach/pamphlets.html > > А так, возьмите любую книгу по кристаллографии. На русском языке новых > > книг нет, только 60-х -- 70-х годов. На английском есть неплохие > Удивительно, что никто даже не перевёл. Мне кажется это очень интересно. Ну, это требует некоторых усилий от специалиста, который это будет переводить. Вообще, издавать научную литературу у нас в стране трудно. Продаётся она плохо, не в пример женским романам и детективам, стоит дорого, труд переводчика никто оплачивать не спешит. А переводить на халаяву никто не хочет. Специалисты и на английском языке прочесть смогут. Так что без участия государства или каких фондов с изданием научной литературы у нас в стране плохо. Тем более по такой узкой области, как кристаллография и структурный анализ. > > книжки от международного союза кристаллографов (www.iucr.ogr), я тут > > купил себе парочку. > > Через интернет? Не, зашёл в магазин и купил одну. Две другие в библиотеке откопировал. Я щас нахожусь в Южной Корее. Тут в книжном магазине при университете можно купить литературу на английском языке, причём даже дешевле, чем в европе или америке. Я уже купил себе несколько книжек, того же Коттона последнее издание. Вот только это всё тяжёлое, как домой везти буду... > > Чувствую, что пора перебираться с этим обсуждением из этого списка > > рассылки куда-нибудь, а то это всё оффтопик конкретный. > Да, согласен. > Премного благодарен, > Извините, что утомил Вас и остальных (кто не спит) наивными вопросами. Да не, меня таким сложно утомить. Я про это могу долго говорить. :) Так что если етсть вопросы -- спрашивайте. -- Всего доброго, Денис.
next parent reply other threads:[~2007-04-27 1:38 UTC|newest] Thread overview: 4+ messages / expand[flat|nested] mbox.gz Atom feed top 2007-04-27 1:38 ` Denis G. Samsonenko [this message] 2007-04-27 8:01 ` Michael Shigorin 2007-04-28 12:07 ` [room] [Comm] [JT] " Denis G. Samsonenko 2007-04-28 20:33 ` Michael Shigorin
Reply instructions: You may reply publicly to this message via plain-text email using any one of the following methods: * Save the following mbox file, import it into your mail client, and reply-to-all from there: mbox Avoid top-posting and favor interleaved quoting: https://en.wikipedia.org/wiki/Posting_style#Interleaved_style * Reply using the --to, --cc, and --in-reply-to switches of git-send-email(1): git send-email \ --in-reply-to=957265820704261838q117902dbrba20e6c9eb1f904@mail.gmail.com \ --to=d.g.samsonenko@gmail.com \ --cc=angel@feht.dgtu.donetsk.ua \ --cc=smoke-room@lists.altlinux.org \ /path/to/YOUR_REPLY https://kernel.org/pub/software/scm/git/docs/git-send-email.html * If your mail client supports setting the In-Reply-To header via mailto: links, try the mailto: link
Культурный офтопик This inbox may be cloned and mirrored by anyone: git clone --mirror http://lore.altlinux.org/smoke-room/0 smoke-room/git/0.git # If you have public-inbox 1.1+ installed, you may # initialize and index your mirror using the following commands: public-inbox-init -V2 smoke-room smoke-room/ http://lore.altlinux.org/smoke-room \ smoke-room@lists.altlinux.org smoke-room@lists.altlinux.ru smoke-room@lists.altlinux.com smoke-room@altlinux.ru smoke-room@altlinux.org smoke-room@altlinux.com public-inbox-index smoke-room Example config snippet for mirrors. Newsgroup available over NNTP: nntp://lore.altlinux.org/org.altlinux.lists.smoke-room AGPL code for this site: git clone https://public-inbox.org/public-inbox.git