Я собрал sqlite3-3.0.4 (beta) и perl-DBD-SQLite, который её использует.

Пакеты sqlite-2.x и sqlite3 между собой не пересекаются и не
конфилктуют, так изначально было было предусмотрено автором.
Формат базы изменился.  Hint:

$ sqlite OLD.DB .dump | sqlite3 NEW.DB

qlite3-tcl собрался, по-видимому, не совсем правильно.  В процесе сборки
есть такое сообщение об ошибке:

+ echo pkg_mkIndex -verbose -- /usr/src/RPM/tmp/sqlite3-buildroot/usr/share/tcl/TclSqlite3 '*.tcl' ../../../lib/tcl/libtclsqlite3.so.0
+ /usr/bin/tclsh
warning: error while loading ../../../lib/tcl/libtclsqlite3.so.0: couldn't find procedure Tclsqlite_Init

В файле TclSqlite3/pkgIndex.tcl нет ничего, кроме комментариев.
К сожалению, я не знаю, как это исправить.