Итак, вроде бы после обновления до Sisyphus 20011022 все
устаканилось, можно описывать замеченные странности.

Полностью автоматически обновить систему не получилось -
помешали пакеты, перекомпилированные из сизифовских src.rpm.
Некоторые из этих пакетов имели отличающиеся от оригинала
зависимости, поэтому apt посчитал их несуществующими и ругался
на неудовлетворенные зависимости. С ними пришлось разбираться с
помощью rpm -Uvh --force, заменив их на сизифовские.

Далее apt-get install apt; apt-get dist-upgrade - как обычно, не
прошел, споткнувшись на пакете filesystem. Пришлось помогать:
service autofs stop; apt-get -f install (тут обновился только
пакет filesystem); service autofs start.

После этого выяснилось, что некоторые пакеты не обновились. В
частности, остались старые пакеты rxvt и xterm (не захотел
обновляться пакет libutempter). Также не обработались следующие
переименования (в системе остались старые пакеты, что было
обнаружено в aptitude - они были в Obsolete and locally
installed):

alsa-lib -> libalsa
db1-devel-static -> libdb1-devel-static
fltk-devel -> libfltk-devel
fltk-doc -> libfltk-doc
libglib2 -> glib2
libglib2-devel -> glib2-devel
python-numpy -> python-Numeric
gtk+mdk -> libgtk+mdk

При явном вызове apt-get install для этих пакетов их обновление
прошло нормально.

Обновление проводилось с установленной опцией
Debug::pkgProblemResolver, вывод apt прилагается.

-- 
Сергей Власов