On Wed, Feb 29, 2012 at 02:09:55PM -0500, Dubrovskiy Viacheslav wrote:
> /dev/sda:
>  Model=WDC WD5002ABYS-02B1B0, FwRev=02.03B03, SerialNo=WD-WCASYE765082

> /dev/sdb:
>  Model=WDC WD5003ABYX-01WERA0, FwRev=01.01S01, SerialNo=WD-WMAYP1781683

Вообще серия WD RE4 пока вроде бы идёт без Advanced Format.

> # hdparm -tT /dev/sda
> /dev/sda:
>  Timing cached reads:   1124 MB in  2.00 seconds = 561.60 MB/sec
>  Timing buffered disk reads: 234 MB in  3.00 seconds =  77.99 MB/sec
> 
> # hdparm -tT /dev/sdb
> /dev/sdb:
>  Timing cached reads:   1094 MB in  2.00 seconds = 546.74 MB/sec
>  Timing buffered disk reads:  34 MB in  3.14 seconds =  10.82 MB/sec

Если в этот момент диск не загружен ничем (например, синхронизацией RAID),
и такие результаты повторяются - вероятнее всего, это плохой диск, который
необходимо заменить.  На самом деле даже диск с 4K секторами показал бы на
последовательных обращениях, тем более по чтению, вполне нормальную
скорость - тормоза там проявляются главным образом при невыровненной
записи.

На всякий случай проверьте, нет ли ошибок в dmesg, ну и смотрите вывод
smartctl -x /dev/sdb (хотя в подобных случаях там может и не быть ничего
подозрительного).

> Disk /dev/sdb: 500.1 GB, 500107862016 bytes
> 255 heads, 63 sectors/track, 60801 cylinders, total 976773168 sectors
> Units = sectors of 1 * 512 = 512 bytes
> Sector size (logical/physical): 512 bytes / 512 bytes
> I/O size (minimum/optimal): 512 bytes / 512 bytes
> Disk identifier: 0x00000000
> 
>    Device Boot      Start         End      Blocks   Id  System
> /dev/sdb1              63     8177084     4088511   fd  Linux raid autodetect
> /dev/sdb2   *     8177085    49126769    20474842+  fd  Linux raid autodetect
> /dev/sdb3        49126770   976773167   463823199   fd  Linux raid autodetect

Разбивать диски настолько впритык не стоит - как минимум может иметь смысл
не залезать за официально заявленный размер в десятичных гигабайтах (в
данном случае это 976562500 секторов), иначе в случае необходимости замены
на диск другого производителя места может не хватить (например, некоторые
модели Samsung не давали ни одного лишнего байта сверх заявленной ёмкости
в "малых" гигабайтах).

В случае необходимости выравнивания "здесь и сейчас" в принципе можно
выровнять разделы хотя бы на 4К (8 секторов), сместив их ближе к началу
диска, но сохранив размеры:

  sdb1        56    8177077  (-7)
  sdb2   8177080   49126764  (-5)
  sdb3  49126768  976773165  (-2)

Правда, от этого могут возникнуть некоторые проблемы с загрузкой с такого
RAID (поскольку расположение разделов на дисках не будет совпадать), но
вроде бы lilo поддерживает такой вариант (придётся использовать параметр
raid-extra-boot=mbr).