У нас не будет совсем egrep и fgrep ?

В пакете rkhunter очень много строчек с egrep. там и скрипт проверяет 
его наличие в системе и конфиги запуска сканирует на слово egrep.

1. Я должен везде заменить egrep на grep -E ?

2. И сканировать  скрипт должен grep, а не egrep ?

(мне так кажется, так надо было функциональность grep ограничить), а не 
убирать egrep,

egrep найти проще, чем grep -E в скриптах запуска).