А в связи с чем у нас ssh-agent стартует из /etc/X11/profile.d, а
gpg-agent из /etc/profile.d?

Правильно ли я понимаю, что /etc/profile.d вообще не обрабатывается при
старте иксов?

Если да, то это полностью лишает возможности использовать
enable-ssh-support в gpg-agent.

-- 
С уважением, Денис

http://mithraen.ru/