как я понимаю, capset после pthread_create проставит capabilities только
для текущего треда, так?

вопрос: как постфактум проставить для всех порожденных тредов?

если никак, то придется drop_root вписывать в пяток лишних файлов.
-- 
С уважением
Афанасов Дмитрий