Извините за назойливость, но по-моему
 в Сизифе надо как-то аккуратно пересобрать apt и всё, что от него 
зависит. В нём как понял что-то изменилось и начались глюки у программ, 
зависящих от apt.
Для себя я пересобрал его  и зависящие от него пакеты в новой среде 
Сизифа не меняя версии.
В результате Synapic-usermode у меня на компе заработал.
(речь не только от синаптике, но и о всей среде установки пакетов).

PS Тут надо всё сделать аккуратно и за один раз :)
А то тряхнёт почище KDE :)
-- 
С уважением Xихин Руслан