Попробовал пересобрать всё это хозяйство под x86_64.

- Не собрался пакет xsm-1.0.1-alt1.src.rpm:

    E: Couldn't find package rsh

- Остальное собралось нормально и даже установилось.  Правда, в этот
  раз я всё-таки сначала сделал apt-get install filesystem; после
  этого файлы не исчезали (некоторое количество ругани всё равно есть,
  но это явно прописанные %ghost).

- При запуске X наблюдается какая-то странная ругань в логах:

    No matching visual for __GLcontextMode with visual class = 1 (32774), nplanes = 32

- Indirect rendering не работает - не запускается даже glxinfo:

    [vsu@procyon vsu]$ LIBGL_DEBUG=verbose glxinfo
    name of display: :0.0
    libGL: XF86DRIGetClientDriverName: 4.0.3 r300 (screen 0)
    libGL: OpenDriver: trying /usr/X11R6/lib/modules/dri/r300_dri.so
    libGL error: dlopen /usr/X11R6/lib/modules/dri/r300_dri.so failed (/usr/X11R6/lib/modules/dri/r300_dri.so: cannot open shared object file: No such file or directory)
    libGL error: unable to find driver: r300_dri.so
    X Error of failed request:  BadAlloc (insufficient resources for operation)
      Major opcode of failed request:  129 (GLX)
      Minor opcode of failed request:  3 (X_GLXCreateContext)
      Serial number of failed request:  19
      Current serial number in output stream:  20

- DRI виснет так же, как и в 32-битном режиме.