Странно ведут себя alternatives... Единственный способ заставить их хоть как 
работать, это зайти в /etc/alternatives/packages.d и поменять приоритеты в 
файлах autoconf_2.13 и autoconf_2.5 (как пример, нужно поставить версию 2.13 
- kdevelop иначе не работает) - по умолчанию в 2.5 стоит 40, а в 2.13 - 30. 
Меняю их местами, т.е. ставлю в 2.5 - 30, а в 2.13 - 40 и после этого 
запускаю alternatives -i autoconf_2.13 и alternatives-update. Алгоритм 
работает с любыми другими прогами. И по другому никак - пять дней 
экспериментов и дикого мата, пока мне не удалось хоть это найти. Сколько 
всего перечитано, никаких данных ни о чем. Ну хоть где-нибудь бы было 
описание алгоритма работы с alternatives! А все описанное не работает. Если 
кто знает более простой алгоритм, прошу сообщить. Хочу свести воедино и 
написать краткое руководство для таких же мучающихся, как и я сам. Сил уже 
нет.