Доброго времени суток.

После неожиданного залива j2se1.5-sun в Sisyphus перестал собираться ряд
пакетов. Требуемые изменения в большинстве из них выглядят достаточно
тривиальными, но, например, с Xerces и Xalan возникает проблема. В JAXP
добавились методы в некоторых базовых абстрактных классах, и Impl для
этих абстрактных классов в Xerces и Xalan оказались неработоспособными.
В trunk-е Apache SVN никаких модификаций для совместимости JDK 1.5 не
замечено.
И Xerces, и Xalan включены в модифицированном виде "под капот" Java SE
5.0, но это не повод выбрасывать их из дистрибутива сейчас.
Чтобы подменить классы JAXP из JRE на более привычные из
xml-commons-apis, нужно манипулировать с bootclasspath в файле сборки
(почему-то опции includeAntRuntime/includeJavaRuntime в Ant-задаче javac
не дают нужного эффекта).
После этого остаётся только надеяться, что большинство клиентов Xerces и
Xalan используют их через интерфейсы JAXP, и в Java SE 5.0 их можно
мягко подменить встроенными реализациями. Модифицировать bootclasspath в
deployment'е противопоказано по лицензионным сообращениям.