On Mon, Jul 12, 2010 at 12:50:51PM +0300, Andriy Dobrovol`s`kii wrote:
[...]
> mkinitrd: Module "scsi_hostadapter" exists
> mkinitrd: Ignoring "ide_scsi" module
> mkinitrd: SCSI modules from config: scsi_mod sd_mod mptscsih

Где-то в /etc/modprobe.d/* (скорее всего, в файле local-autoconverted)
от старой системы остались записи alias scsi_hostadapter ..., при
наличии которых mkinitrd не пытается определять нужные модули
автоматически.  При этом между 2.6.12 и 2.6.18 изменилась структура
драйверов mpt* - теперь собственно драйверы контроллеров находятся в
модулях mptspi, mptfc, mptsas (в зависимости от типа контроллера), а
модули mptbase и mptscsih содержат только код, общий для всех этих
драйверов, и сами по себе ничего не делают.

Должно хватить удаления всех явно прописанных alias scsi_hostadapter
из /etc/modprobe.d/* - в этом случае модуль mptspi должен определиться
автоматически.